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DGGE条带分不开
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遇见林
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[交流]
DGGE条带分不开
最近做DGGE老是出现如下状况请各位同行帮忙分析下:
实验条件:用的是Bio-Rad475型梯度混合装置。做的是污水生物处理过程污泥中 亚硝酸盐氧化菌(Nosz),引物F968,R1401,约430bp。
图一:胶浓度8%,变性剂浓度范围是30%-50%,电泳温度60°C。电压120V,电泳7小时。TEMED20微升,100微升10%的APS。
图二:胶浓度6%,变性剂浓度范围是35%-45%,电泳温度60°C。电压70V,电泳14小时。TEMED20微升,100微升10%的APS。
附图三是P出的结果,感觉不是PCR的问题。PCR是50微升体系,引物2微升,模板5微升,mastermix25微升,加水补齐。
请各位大侠找找问题出在哪儿????谢谢啦。。。
图一
图二
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1楼
2012-08-26 10:20:41
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遇见林
铁虫
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2楼
:
Originally posted by
userhung
at 2012-08-26 11:02:30
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1495840
http://bbs.bbioo.com/forum.php?mod=viewthread&tid=50983
看过这些资料,谢谢。。
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11楼
2012-08-27 08:44:08
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userhung
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★ ★ ★
遇见林(金币+1): 谢谢参与
wizardfan: 金币+2, 谢谢提供链接
2012-08-27 00:54:28
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1495840
http://bbs.bbioo.com/forum.php?mod=viewthread&tid=50983
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2楼
2012-08-26 11:02:30
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ygbxk
铁杆木虫
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★ ★ ★
遇见林(金币+1): 谢谢参与
wizardfan: 金币+2, 谢谢参与
2012-08-27 00:54:49
很有可能是引物的问题,DGGE原则上只能区分500个bp以下的DNA片段,你的引物对的扩增范围有点大,快接近500bp了。
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5楼
2012-08-26 16:18:09
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ygbxk
铁杆木虫
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虫号: 761844
你可以做一个总细菌的引物看看,如果没问题就是引物的问题了,还有问题就是电泳的问题了。可能性挺多,如果你用的药品时间较长或者被冰冻过,可能也出现这种情况,其它原因就不好说了,可能你得慢慢摸索。另外反硝化的引物有好多,你可以再查查问问试试。
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6楼
2012-08-26 16:23:17
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liufuliang
12楼
2012-08-27 08:49
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假大空
13楼
2012-08-27 09:48
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