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celia2012

铜虫 (小有名气)

[求助] 揪心的菌落PCR 已有2人参与

几天挑选了单菌落,进行种属鉴定,做了17个菌落PCR,成功了11个,实验过程是:挑菌加入50微升无菌水,99度裂解5分钟,后冰浴五分钟,离心10分钟取上清液进行PCR,退火温度是55度,循环数35,25微升体系(加5微升模板)
     后来继续挑选进行实验,问题不断,P出来的成功率低,不到一半,而且好多出现拖带现象,这在第一次实验中没出现过,后进行测序说是有杂合、结合现象,测序终止,立马心情受到影响了,做了大量的菌落PCR, 几天全浪费了~不知道是什么原因
1.由于我做的菌差异大,要一一摸条件好烦,有的浓度低了,有个又高了,难以控制,挑菌不知道挑多少合适
2.不知道做菌落PCR,是不是要将菌活化一下再挑,菌放在冰箱大概有20天了,菌放的时间长了是不是影响实验
3.退火温度如何确定,多少适合?是否循环数过高了
4.菌落PCR是否可靠?还是直接先提DNA适合?主要是我要做200个菌,提起来麻烦,现在看来菌落PCR也不简单?
希望有经验的虫友们给点意见吧~万分感谢啊~纠结万恶的实验啊~
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zqp9110

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
个人倾向于用Triton法快速提取纯菌DNA,代替菌落PCR,感觉效果不错,不喜欢用菌直接PCR。
BEYOND
7楼2012-08-10 10:59:48
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啤酒泡沫

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
celia2012: 金币+3 2012-08-09 19:09:59
zhang8826857: 金币+5, 鼓励新虫,正解 2012-08-10 10:15:47
我做过PCR,是先提取DNA,我做PCR是为了测序,鉴定菌株的。退火温度你可以查查,我记得是有公式的,根据DNA片段大小,可以算出退货温度的范围,然后你做个梯度PCR就能得到最适温度了。PCR的关键是退火温度,循环次数不太重要吧。
2楼2012-08-09 17:50:37
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celia2012

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 啤酒泡沫 at 2012-08-09 17:50:37
我做过PCR,是先提取DNA,我做PCR是为了测序,鉴定菌株的。退火温度你可以查查,我记得是有公式的,根据DNA片段大小,可以算出退货温度的范围,然后你做个梯度PCR就能得到最适温度了。PCR的关键是退火温度,循环次数 ...

跑电泳结果是有拖带现象,带目的基因也是量的,这样去测序不行吧
3楼2012-08-09 19:09:49
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啤酒泡沫

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by celia2012 at 2012-08-09 19:09:49
跑电泳结果是有拖带现象,带目的基因也是量的,这样去测序不行吧...

貌似不行吧。我当时实验的时候,我老师要求带一条且足够亮,采用试剂盒回收。我做的是霉菌。你也可以试试。我11年5月份测序,好像一个样是15块,虽然物价上涨但也不会太多吧。
4楼2012-08-09 19:25:59
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