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lyefoztz

金虫 (初入文坛)

[求助] 求四方晶型Bi2O2CO3的晶胞参数,以便用ms作晶胞结构图

如下是我自己从FindIt-[ICSD 1]中得到的四方晶型Bi2O2CO3的晶胞参数,做出的超晶胞结构图如图1所示,但文献中报道的是如图2所示的超晶胞结构图,不知道是我的作图方法有误,还是如下我自己作图的晶胞参数有误?请虫子高手们教教我正确的作图方法或赐予我正确的四方晶型Bi2O2CO3的晶胞参数,拜托了,万分感谢!
Chem Name   Bismuth Dioxide Carbonate
Structured  Bi2 O2 C O3
Sum         C1 Bi2 O5
ANX         AB2X5
Min Name    Bismutite
D(calc)     8.27
Title       On the crystal structure of Bi2 O2 C O3 (bismutite) and Ca Bi2 O2 (C
            O3)2 (beyerite)
Author(s)   Lagercrantz, A.;Sillen, L.G.
Reference   Arkiv foer Kemi, Mineralogi och Geologi, A
            (1948), 25(2), 1-21
Unit Cell   3.867 3.867 13.686 90. 90. 90.
Vol         204.66
Z           2
Space Group I 4/m m m
SG Number   139
Cryst Sys   tetragonal
Pearson     tI16
Wyckoff     m2 h e2 d b
Red Cell    I  3.867 3.867 7.369 105.211 105.211 89.999 102.328
Trans Red   1.000 0.000 0.000 / 0.000 -1.000 0.000 / -0.500 0.500 -0.500
Comments    O of CO3 split on 6 different positions
            Total SOF on at least one site differs from unity (SOF <
            0.997 resp. SOF > 1.003)
            Compound with mineral name: Bismutite
            The structure has been assigned a PDF number (calculated
            powder diffraction data): 01-073-6504
            The structure has been assigned a PDF number (experimental
            powder diffraction data): 41-1488
            X-ray diffraction from single crystal
            No R value given in the paper.
            At least one temperature factor missing in the paper.
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H
Bi   1  +3    4 e   0           0           0.160(3)       1.         0   
O    1  -2    4 d   0           0.5         0.25           1.         0   
C    1  +4    2 b   0           0           0.5            1.         0   
O    2  -2    4 e   0           0           0.591          0.25       0   
O    3  -2    16 m  0.114       0.114       0.579          0.125      0   
O    4  -2    16 m  0.197       0.197       0.546          0.125      0   
O    5  -2    8 h   0.228       0.228       0.5            0.125      0   
*end for    ICSD #36245

自画的四方晶型Bi2O2CO3的超晶胞图


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han456

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

http://rruff.geo.arizona.edu/doclib/cm/vol40/CM40_693.pdf
see DATA.cif:
data_global
_chemical_name_mineral 'Bismutite'
loop_
_publ_author_name
'Grice J D'
_journal_name_full 'The Canadian Mineralogist'
_journal_volume 40
_journal_year 2002
_journal_page_first 693
_journal_page_last 698
_publ_section_title
;
A solution to the crystal structures of bismutite and beyerite
;
_database_code_amcsd 0005770
_chemical_formula_sum 'Bi2 C O5'
_cell_length_a 3.865
_cell_length_b 3.862
_cell_length_c 13.675
_cell_angle_alpha 90
_cell_angle_beta 90
_cell_angle_gamma 90
_cell_volume 204.122
_exptl_crystal_density_diffrn      8.297
_symmetry_space_group_name_H-M 'I m m 2'
loop_
_space_group_symop_operation_xyz
  'x,y,z'
  '1/2+x,1/2+y,1/2+z'
  'x,-y,z'
  '1/2+x,1/2-y,1/2+z'
  '-x,y,z'
  '1/2-x,1/2+y,1/2+z'
  '-x,-y,z'
  '1/2-x,1/2-y,1/2+z'
loop_
_atom_site_label
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_U_iso_or_equiv
Bi1   0.00000   0.00000   0.00000   0.01640
Bi2   0.50000   0.50000   0.18433   0.01710
C   0.00000   0.00000   0.33800   0.01200
O1   0.00000   0.50000   0.10400   0.01900
O2   0.50000   0.00000   0.10200   0.01400
O3   0.00000   0.28600   0.30500   0.03800
O4   0.00000   0.00000   0.44300   0.02700
loop_
_atom_site_aniso_label
_atom_site_aniso_U_11
_atom_site_aniso_U_22
_atom_site_aniso_U_33
_atom_site_aniso_U_12
_atom_site_aniso_U_13
_atom_site_aniso_U_23
Bi1 0.01470 0.01160 0.02280 0.00000 0.00000 0.00000
Bi2 0.01500 0.00610 0.03030 0.00000 0.00000 0.00000
C 0.01400 0.01400 0.00600 0.00000 0.00000 0.00000
O1 0.01800 0.01900 0.02000 0.00000 0.00000 0.00000
O2 0.01600 0.01000 0.01800 0.00000 0.00000 0.00000
O3 0.03800 0.03700 0.03800 0.00000 0.00000 0.00000
O4 0.03100 0.03300 0.01800 0.00000 0.00000 0.00000
13楼2012-08-19 10:11:56
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han456

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-08-14 16:11:08
one cell同你

3X3=9同下,再set Z=1,才是超晶格
2楼2012-08-09 14:39:52
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lyefoztz

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by han456 at 2012-08-09 14:39:52
one cell同你

3X3=9同下,再set Z=1,才是超晶格

你的答案好像与我的问题无关吧?能不能说的更详细点!谢谢了
为自己加油!
3楼2012-08-09 16:17:44
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han456

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-08-12 12:45:45
Vol         204.66
Z           2
so
27 Cells & z=1
MS是读入ICDS坐标档
还是妳把坐标一个一个输入,若是后者你一下Build有些不该生成的键会多跑出来
所以你付的图无法放大与原图作比较!瞄一下就知道应该有2个问题点要修正
所谓超晶格是至少由8-27个单晶格组成,再取消其对称性(set Z=1)
这是晶体仿真最基本的作法,叫作影像盒子,也有人用8(2X2X2),看原图是27个Cell
请问你图是如何输入的?
4楼2012-08-12 01:56:56
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