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雪强爱信

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何确定pcr产物是目的片段

本人也是新手一个,最近扩一段600bp左右的基因片段,但通过琼脂糖凝胶电泳检测pcr产物,是一条大于250bp明显不到600bp的条带,特异性特别好,条带很亮!不知道是不是自己想要的目的片段。求高手指点,谢谢各位。
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雪强爱信

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by ghs25372216 at 2012-08-06 11:01:08
要是你P出来差这么多,应该肯定不是你的目的片段,除非你用的染料迁移很大。建议你再审查下引物是否没问题,在一个相对大的范围内做个温度梯度PCR,理论上说600bp应该很容易P出来,况且你的引物又是特异的,建议你还 ...

染料跟迁移率有关系吗?我以为影响迁移是电场强度、核酸分子量和构象、胶浓度。你说引物如果出现问题,最大的问题是不是发生错配?其它的我尽量遵循设计引物的原则。
14楼2012-08-07 09:00:01
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wygcsu

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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可以去测序,然后和你的目的序列比对!!!
2楼2012-08-06 09:36:01
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涌动的泉

铜虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-08-06 15:22:51
如果设计引物时,软件上给出的产物片段是600bp的话,现在跑出来的片段明显不是你要的,你的经费充足的话到也可以像楼上说的去测一下,回来比对,否则就重设几对特异性好的引物重新做吧,或者跑个梯度PCR看看不同温度的结果是否一样
我们的过去,成就了如今的我们,无需悔恨
3楼2012-08-06 09:44:50
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healy13

禁虫 (小有名气)

感谢参与,应助指数 +1
本帖内容被屏蔽

4楼2012-08-06 10:27:50
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