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wygcsu

木虫 (小有名气)

[交流] 系统发育树bootsrap 已有5人参与

为什么在构建系统发育树时，一些节点没有bootsrap值，不知道什么意思，是可靠还是不可靠？bootsrap值究竟代表什么意思？是怎么得来的？为什么有的是几百，有的树却是几十？求大侠们解释

[ Last edited by wygcsu on 2012-8-6 at 09:38 ]
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1楼 2012-08-05 22:14:30
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wygcsu

木虫 (小有名气)
自己顶一下
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2楼2012-08-06 09:41:53
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yananhl

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
顶一下，以后我可能会用到，不过现在不会。。
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3楼2012-08-06 10:53:47
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雪强爱信

新虫 (初入文坛)
我也想洗耳恭听
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4楼2012-08-06 10:56:54
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
5楼2012-08-06 11:15:55
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wygcsu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ghs25372216 at 2012-08-06 11:15:55
在cutoff值之下当然不会显示出来了，cutoff值默认好像是50

为什么有的文章里是几百，有的是几十？
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6楼2012-08-06 11:21:23
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
7楼2012-08-06 13:07:42
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qhuzhl

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by ghs25372216 at 2012-08-06 13:07:42
这个好像也有设置选择，都一样道理，几十的就是百分子几十，几百的就是千分子几百，比如说40，就是建树100次，有40次放在了这里，个人看法，呵呵...

正解。
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8楼2012-08-06 20:10:05
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lymkitty

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
Bootstrap（进化树）
即自展值，是用来检验你所计算的进化树分支可信度的。简单地讲就是把序列的位点都重排，重排后的序列再用相同的办法构树，如果原来树的分枝在重排后构的树中也出现了，就给这个分枝打上一分，如果没出现就给0分，这样经过你给定的repetitions次（至少1000次）重排构树打分后，每个分枝就都得出分值，计算机会给你换算成bootstrap值。重排的序列有很多组合，值越小说明分枝的可信度越低，最好根据数据的情况选用不同的构树方法和模型.
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9楼2014-07-03 09:29:01
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