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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » PCR中退火温度的选择
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wtery

木虫 (正式写手)

[交流] PCR中退火温度的选择 已有11人参与

在合成的报告单中写着
一条是
Tm（1M Na+） 64.9
Tm（50nM Na+） 43.3
另一条是
Tm（1M Na+） 66.8
Tm（50nM Na+） 45.2
软件推荐的是 55.3
我应该怎么选择退火温度
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1楼 2012-08-01 15:47:00
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

wuwangqiao

新虫 (小有名气)
★
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我也做过，一般订回来的引物那就是在上下游tm值的平均数减去5就是最佳tm值，这个值上做个梯度左右波动！！看看选择最佳的退火温度
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9楼2012-08-04 15:51:20
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普通回帖

jl860822

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引物合成单上普遍偏高，而且要看你有没有加酶切位点，如果加了，肯定偏高，你先试一下55吧，或者直接做Touchdown
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2楼2012-08-01 19:50:39
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chiden

木虫 (正式写手)
★ ★
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小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-08-04 14:03:04
Tm（50nM Na+） 45.2
上调十度左右左PCR合适，个人觉得有时候没必要去纠结这么多，直接做吧，能做出来就好。
各种软件计算Tm的方式有点小差异，要找到的根本才能更好的分析吧
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即使难过，也要微笑着走下去
3楼2012-08-02 08:43:59
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王贤卓
4楼2012-08-02 08:58:53
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花素馨

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-08-02 15:33:05
为什么不做一个退火温度的梯度？我们用的是伯乐PCR仪，里面自带退火温度梯度选择功能，就是你设定一个温度范围，比如说53~63°C，然后系统自动给出一个8个梯度的不同温度，然后你可以全做，也可以选择几个你大概推测合适的温度做PCR，这样结果出来不是更准确么？
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5楼2012-08-02 09:34:21
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tupac225

金虫 (正式写手)
★
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上下游tm值的平均数减去5就是最佳tm值。
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coasttocoast。
6楼2012-08-02 10:31:40
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damaomao

禁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
7楼2012-08-04 11:12:36
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jxm520zyc

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
还是做个梯度PCR摸索一个适合的温度吧~
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学习中~
8楼2012-08-04 13:44:27
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青梅煮酒17

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
同意楼上观点。我也是这么做的。
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10楼2012-08-07 23:33:41
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