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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » DPD模拟中初始体系设置的问题
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RSQ蜗牛

新虫 (初入文坛)

[求助] DPD模拟中初始体系设置的问题

在使用DPD模拟时，如何设置体系（溶剂是水，溶质是聚合物）中的PH值，几种方法？体系的盐度(就是想表达出水里含有一定量的钙，镁离子就行)呢？
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1楼 2012-07-28 06:33:43
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by cao8916 at 2013-09-16 03:31:03
您好，能不能把2001-Biophysical J-？？-725  发给我呢，我找了很久没找到...

Mesoscopic Simulation of Cell Membrane Damage, Morphology Change
and Rupture by Nonionic Surfactants
Biophysical Journal Volume 81 August 2001 725–736

耗散粒子动力学模拟方法在软物质体系研究中的一些进展与应用
物理学进展 31 (1), 1-21
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cao8916
12楼2013-09-16 14:38:56
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-07-28 14:02:00
RSQ蜗牛: 金币+5, ★有帮助 2012-07-31 15:58:10
你的体系要求首先要求你的DPD能处理静电相互作用，但是现在任何成型的DPD软件包里面都没有静电的实现。

如果你想继续这个工作：
1，自己在DPD中把静电相互作用添加进去，而后才可以考虑你的静电作用。
2，和别人合作，利用别人已经实现好的代码计算自己的体系。
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2楼2012-07-28 08:11:33
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RSQ蜗牛

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tianlangxingaa at 2012-07-28 08:11:33
你的体系要求首先要求你的DPD能处理静电相互作用，但是现在任何成型的DPD软件包里面都没有静电的实现。

如果你想继续这个工作：
1，自己在DPD中把静电相互作用添加进去，而后才可以考虑你的静电作用。
2，和别 ...

我还想问一下，DPD相互作用参数aij(ij为下标)到底是怎么求出来的。文献上说用Blends模块，求F-H参数(xij,ij为下标)，再用公式aij=aii+3.27xij。可是关于Blends这里求出来的xij。我始终就没试明白。
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3楼2012-07-31 16:04:51
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-31 22:39:29
引用回帖:
3楼: Originally posted by RSQ蜗牛 at 2012-07-31 09:04:51
我还想问一下，DPD相互作用参数aij(ij为下标)到底是怎么求出来的。文献上说用Blends模块，求F-H参数(xij,ij为下标)，再用公式aij=aii+3.27xij。可是关于Blends这里求出来的xij。我始终就没试明白。...

推荐看两篇文章

1997-JCP-107-4423
2001-Biophysical J-？？-725

里面有很详细的求导过程，可以仔细阅读

有时间可以多看看其他的针对具体体系的CG过程，希望对你有帮助。

物理学进展上有篇中文综述，可以去看看。
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刘雪鹏 cao8916
4楼2012-07-31 17:48:40
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