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soffy0214

铜虫 (小有名气)

[求助] 今天提了一天的RNA,结果在紫外下只看到一团黑色。求分析!

我很确定我的rna是提出来了的。我用甲醛变性胶,加2微升EB,胶是红色的。然后加10微升样电泳,样中加4微升甲醛,2微升上样缓冲液,2微升10倍的MOPS缓冲液。检测时什么都看不见,只在溴酚蓝的位置看到一团黑色的东西。A260和A280都是负值。我的RNA哪去了?求解!

[ Last edited by soffy0214 on 2012-7-19 at 08:24 ]
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-07-19 15:18:46
A260,280以及A260/280比值都可以用于分析RNA纯度。你的值都是负的,说明RNA降解了或没有提出来。你提出的白色沉淀有可能只是组蛋白,一般提出RNA应该是胶状和管差不多颜色而非白色沉淀,或者你获得的RNA量太多和部分蛋白沉淀在一起形成白色物,但是从你的A260,280值来看,是没有提出来。白色的应该是组蛋白,因为组蛋白溶解于水和稀酸。
6楼2012-07-19 10:09:10
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普通回帖

jl860822

金虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你怎么确定你的RNA一定提出来了呢?然后就是你的跑胶条件是多少?
2楼2012-07-19 08:38:47
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soffy0214

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jl860822 at 2012-07-19 08:38:47
你怎么确定你的RNA一定提出来了呢?然后就是你的跑胶条件是多少?

因为有一团白色沉淀啊。加50微升的DEPC水后就溶解了。我使用trizol提的。60V,30min
上帝关上一扇门,就会打开一扇窗。
3楼2012-07-19 09:42:57
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soffy0214

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jl860822 at 2012-07-19 08:38:47
你怎么确定你的RNA一定提出来了呢?然后就是你的跑胶条件是多少?

即使是降解了,也不该没有任何痕迹啊。
上帝关上一扇门,就会打开一扇窗。
4楼2012-07-19 09:44:57
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jl860822

金虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by soffy0214 at 2012-07-19 09:44:57
即使是降解了,也不该没有任何痕迹啊。...

50μl水溶解,有点多吧,我以前就用大约一半的量,然后跑胶就150v左右跑10min不到,白色的沉淀应该不是你要的RNA
5楼2012-07-19 09:51:44
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soffy0214

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by chenguestc at 2012-07-19 10:09:10
A260,280以及A260/280比值都可以用于分析RNA纯度。你的值都是负的,说明RNA降解了或没有提出来。你提出的白色沉淀有可能只是组蛋白,一般提出RNA应该是胶状和管差不多颜色而非白色沉淀,或者你获得的RNA量太多和部 ...

我还是按照以前的步骤,先用trizol溶液裂解,加氯仿,然后用异丙醇沉淀,请问哪一步出现问题会出现这种情况?这次可能是没提出RNA来,沉淀的颜色太白了,还很分散。
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7楼2012-07-19 13:31:15
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-20 13:39:39
其实我觉得降解的可能比较大,提多少肯定都能提出来。实验前,请问RNase AWAY把实验台等擦拭干净,操作过程中,每步也注意一下应该问题不大啊,只有再做一次看。实在不行找个你的师兄师姐的带你一起做一次。
8楼2012-07-19 16:32:40
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sjjsy7

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-07-20 13:39:50
如果说你A260/A280是负值,那白色沉淀物很有可能是蛋白质,提RNA的前期准备很重要的,比如研钵和枪头最好用DEPC水泡一下,不然很容易降解掉!是在不行就让师兄弟带一下!
9楼2012-07-19 19:37:11
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soffy0214

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by chenguestc at 2012-07-19 16:32:40
其实我觉得降解的可能比较大,提多少肯定都能提出来。实验前,请问RNase AWAY把实验台等擦拭干净,操作过程中,每步也注意一下应该问题不大啊,只有再做一次看。实在不行找个你的师兄师姐的带你一起做一次。

没有师兄师姐。降解了也会有弥散的带啊。不知道是不是试剂的问题。
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10楼2012-07-19 19:45:46
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