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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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colinmacrean

新虫 (初入文坛)

[求助] 请教有关高斯计算吸附能的问题? 已有1人参与

各位大虾好,我刚刚接触高斯,关于吸附能计算请大家指点:
我要计算B-D葡萄糖分子每个羟基附近对O2分子的吸附能。
我的方法是:DFT B3LYP 6-311G
步骤:
opt+freq葡萄糖分子(A),opt+freq O2分子(B)
将优化好的O2分子copy到优化好的葡萄糖分子中。
将O2分子放在需要计算的位置,然后opt+freq优化得到总能量(C)。

用C的能量减去A再减去B

碰到的问题是:
优化好的C中氧分子已经不在我需要计算的羟基附近,而优化成了其他结构。
不知道这个问题怎么解决?

谢谢了!!
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hanbo528

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by colinmacrean at 2012-07-19 15:53:25
非常感谢!您说的不要距离太近,请问有没有大致的距离参数呢?一般吸附应该摆放距离多远?谢谢!...

建议距离在2.5-3A左右。
5楼2012-07-19 16:01:12
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colinmacrean

新虫 (初入文坛)

别沉下去啊,麻烦大虾们帮帮忙
2楼2012-07-18 08:34:15
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hanbo528

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
dbb627: 金币+2, 谢谢应助! 2012-07-21 22:39:50
你的计算步骤应该没什么问题。
多试试几种摆放构型吧,而且O2分子在葡萄糖上吸附位点是否就是你说的羟基呢?有没有可能O2更倾向于在别的地方吸附?另外,根据你目前的结构,算出的吸附能是否是负值?如果是,说明O2在别的地方发生了吸附。
最后,摆放初始结构时,O2与羟基之间的距离不要太近,否则计算时会突然弹开(我用Dmol3时遇到过)。一种可能的办法是先放远一点,然后慢慢靠近。
3楼2012-07-18 17:09:54
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colinmacrean

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hanbo528 at 2012-07-18 17:09:54
你的计算步骤应该没什么问题。
多试试几种摆放构型吧,而且O2分子在葡萄糖上吸附位点是否就是你说的羟基呢?有没有可能O2更倾向于在别的地方吸附?另外,根据你目前的结构,算出的吸附能是否是负值?如果是,说明O ...

非常感谢!您说的不要距离太近,请问有没有大致的距离参数呢?一般吸附应该摆放距离多远?谢谢!
4楼2012-07-19 15:53:25
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