应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 请教有关高斯计算吸附能的问题？
51/1返回列表
查看: 3414  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

colinmacrean

新虫 (初入文坛)

[求助] 请教有关高斯计算吸附能的问题？ 已有1人参与

各位大虾好，我刚刚接触高斯，关于吸附能计算请大家指点：
我要计算B-D葡萄糖分子每个羟基附近对O2分子的吸附能。
我的方法是：DFT B3LYP 6-311G
步骤：
opt+freq葡萄糖分子（A），opt+freq O2分子（B）
将优化好的O2分子copy到优化好的葡萄糖分子中。
将O2分子放在需要计算的位置，然后opt+freq优化得到总能量（C）。

用C的能量减去A再减去B

碰到的问题是：
优化好的C中氧分子已经不在我需要计算的羟基附近，而优化成了其他结构。
不知道这个问题怎么解决？

谢谢了！！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-07-17 15:49:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanbo528

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by colinmacrean at 2012-07-19 15:53:25
非常感谢！您说的不要距离太近，请问有没有大致的距离参数呢？一般吸附应该摆放距离多远？谢谢！...

建议距离在2.5-3A左右。
赞一下 回复此楼
5楼2012-07-19 16:01:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

colinmacrean

新虫 (初入文坛)
别沉下去啊，麻烦大虾们帮帮忙
赞一下 回复此楼
2楼2012-07-18 08:34:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanbo528

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dbb627: 金币+2, 谢谢应助！ 2012-07-21 22:39:50
你的计算步骤应该没什么问题。
多试试几种摆放构型吧，而且O2分子在葡萄糖上吸附位点是否就是你说的羟基呢？有没有可能O2更倾向于在别的地方吸附？另外，根据你目前的结构，算出的吸附能是否是负值？如果是，说明O2在别的地方发生了吸附。
最后，摆放初始结构时，O2与羟基之间的距离不要太近，否则计算时会突然弹开（我用Dmol3时遇到过）。一种可能的办法是先放远一点，然后慢慢靠近。
赞一下 回复此楼
3楼2012-07-18 17:09:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

colinmacrean

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hanbo528 at 2012-07-18 17:09:54
你的计算步骤应该没什么问题。
多试试几种摆放构型吧，而且O2分子在葡萄糖上吸附位点是否就是你说的羟基呢？有没有可能O2更倾向于在别的地方吸附？另外，根据你目前的结构，算出的吸附能是否是负值？如果是，说明O ...

非常感谢！您说的不要距离太近，请问有没有大致的距离参数呢？一般吸附应该摆放距离多远？谢谢！
赞一下 回复此楼
4楼2012-07-19 15:53:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭