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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 请教有关高斯计算吸附能的问题？
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colinmacrean

新虫 (初入文坛)

[求助] 请教有关高斯计算吸附能的问题？ 已有1人参与

各位大虾好，我刚刚接触高斯，关于吸附能计算请大家指点：
我要计算B-D葡萄糖分子每个羟基附近对O2分子的吸附能。
我的方法是：DFT B3LYP 6-311G
步骤：
opt+freq葡萄糖分子（A），opt+freq O2分子（B）
将优化好的O2分子copy到优化好的葡萄糖分子中。
将O2分子放在需要计算的位置，然后opt+freq优化得到总能量（C）。

用C的能量减去A再减去B

碰到的问题是：
优化好的C中氧分子已经不在我需要计算的羟基附近，而优化成了其他结构。
不知道这个问题怎么解决？

谢谢了！！
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1楼 2012-07-17 15:49:37
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hanbo528

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by colinmacrean at 2012-07-19 15:53:25
非常感谢！您说的不要距离太近，请问有没有大致的距离参数呢？一般吸附应该摆放距离多远？谢谢！...

建议距离在2.5-3A左右。
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5楼2012-07-19 16:01:12
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colinmacrean

新虫 (初入文坛)
别沉下去啊，麻烦大虾们帮帮忙
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2楼2012-07-18 08:34:15
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hanbo528

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dbb627: 金币+2, 谢谢应助！ 2012-07-21 22:39:50
你的计算步骤应该没什么问题。
多试试几种摆放构型吧，而且O2分子在葡萄糖上吸附位点是否就是你说的羟基呢？有没有可能O2更倾向于在别的地方吸附？另外，根据你目前的结构，算出的吸附能是否是负值？如果是，说明O2在别的地方发生了吸附。
最后，摆放初始结构时，O2与羟基之间的距离不要太近，否则计算时会突然弹开（我用Dmol3时遇到过）。一种可能的办法是先放远一点，然后慢慢靠近。
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3楼2012-07-18 17:09:54
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colinmacrean

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hanbo528 at 2012-07-18 17:09:54
你的计算步骤应该没什么问题。
多试试几种摆放构型吧，而且O2分子在葡萄糖上吸附位点是否就是你说的羟基呢？有没有可能O2更倾向于在别的地方吸附？另外，根据你目前的结构，算出的吸附能是否是负值？如果是，说明O ...

非常感谢！您说的不要距离太近，请问有没有大致的距离参数呢？一般吸附应该摆放距离多远？谢谢！
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4楼2012-07-19 15:53:25
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