24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 3604  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

colinmacrean

新虫 (初入文坛)

[求助] 请教有关高斯计算吸附能的问题? 已有1人参与

各位大虾好,我刚刚接触高斯,关于吸附能计算请大家指点:
我要计算B-D葡萄糖分子每个羟基附近对O2分子的吸附能。
我的方法是:DFT B3LYP 6-311G
步骤:
opt+freq葡萄糖分子(A),opt+freq O2分子(B)
将优化好的O2分子copy到优化好的葡萄糖分子中。
将O2分子放在需要计算的位置,然后opt+freq优化得到总能量(C)。

用C的能量减去A再减去B

碰到的问题是:
优化好的C中氧分子已经不在我需要计算的羟基附近,而优化成了其他结构。
不知道这个问题怎么解决?

谢谢了!!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanbo528

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
dbb627: 金币+2, 谢谢应助! 2012-07-21 22:39:50
你的计算步骤应该没什么问题。
多试试几种摆放构型吧,而且O2分子在葡萄糖上吸附位点是否就是你说的羟基呢?有没有可能O2更倾向于在别的地方吸附?另外,根据你目前的结构,算出的吸附能是否是负值?如果是,说明O2在别的地方发生了吸附。
最后,摆放初始结构时,O2与羟基之间的距离不要太近,否则计算时会突然弹开(我用Dmol3时遇到过)。一种可能的办法是先放远一点,然后慢慢靠近。
3楼2012-07-18 17:09:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

colinmacrean

新虫 (初入文坛)

别沉下去啊,麻烦大虾们帮帮忙
2楼2012-07-18 08:34:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

colinmacrean

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hanbo528 at 2012-07-18 17:09:54
你的计算步骤应该没什么问题。
多试试几种摆放构型吧,而且O2分子在葡萄糖上吸附位点是否就是你说的羟基呢?有没有可能O2更倾向于在别的地方吸附?另外,根据你目前的结构,算出的吸附能是否是负值?如果是,说明O ...

非常感谢!您说的不要距离太近,请问有没有大致的距离参数呢?一般吸附应该摆放距离多远?谢谢!
4楼2012-07-19 15:53:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanbo528

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by colinmacrean at 2012-07-19 15:53:25
非常感谢!您说的不要距离太近,请问有没有大致的距离参数呢?一般吸附应该摆放距离多远?谢谢!...

建议距离在2.5-3A左右。
5楼2012-07-19 16:01:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 300求调剂,材料科学英一数二 +9 leaflight 2026-03-24 9/450 2026-03-29 14:18 by wxiongid
[考研] 一志愿郑州大学,080500学硕,总分317分求调剂 +8 举个栗子oi 2026-03-24 9/450 2026-03-29 13:08 by peike
[考研] 375求调剂 +4 雨夏整夜 2026-03-29 4/200 2026-03-29 12:09 by 无际的草原
[基金申请] 面上5B能上会吗? +3 redcom 2026-03-29 3/150 2026-03-29 12:03 by god_tian
[考研] 2026年华南师范大学欢迎化学,化工,生物,生医工等专业优秀学子加入! +3 llss0711 2026-03-28 6/300 2026-03-29 10:26 by llss0711
[考研] 332求调剂 +4 @MZB382400 2026-03-28 4/200 2026-03-28 21:02 by 唐沐儿
[考研] 一志愿华北电力大学能动专硕,293,求调剂 +3 15537177284 2026-03-23 5/250 2026-03-28 16:11 by xxxsssccc
[考研] 一志愿北京工业大学,324分求调剂 +4 零八# 2026-03-28 4/200 2026-03-28 15:01 by 17865157980
[考研] 322求调剂 +5 旧吢 2026-03-24 5/250 2026-03-28 13:26 by Iveryant
[考研] 299求调剂 +7 嗯嗯嗯嗯2 2026-03-27 7/350 2026-03-28 13:09 by 唐沐儿
[考研] 315分求调剂 +7 26考研上岸版26 2026-03-26 7/350 2026-03-28 04:05 by fmesaito
[考研] 266分求材料化工冶金矿业等专业的调剂 +4 哇呼哼呼哼 2026-03-26 4/200 2026-03-27 17:02 by zhyzzh
[考研] 279 分 求调剂 +4 睡个好觉_16 2026-03-24 4/200 2026-03-27 15:05 by 醉在风里
[考研] 考研调剂 +9 小蜡新笔 2026-03-26 9/450 2026-03-27 11:10 by 不吃魚的貓
[考研] 材料考研求调剂 +3 Dendel 2026-03-23 6/300 2026-03-26 17:51 by fmesaito
[考研] 085602 289分求调剂 +8 WWW西西弗斯 2026-03-24 8/400 2026-03-26 16:33 by 不吃魚的貓
[考研] 332求调剂 +6 032500 2026-03-25 6/300 2026-03-25 22:45 by 418490947
[考研] 086003食品工程求调剂 +6 淼淼111 2026-03-24 6/300 2026-03-25 10:29 by 3Strings
[考研] 080500求调剂 +3 zzzzfan 2026-03-24 3/150 2026-03-24 16:38 by barlinike
[考研] 277分求调剂,跨调材料 +3 考研调剂lxh 2026-03-24 3/150 2026-03-24 13:52 by JourneyLucky
信息提示
请填处理意见