24小时热门版块排行榜    

查看: 4051  |  回复: 6

colinmacrean

新虫 (初入文坛)

[求助] 请教有关高斯计算吸附能的问题? 已有1人参与

各位大虾好,我刚刚接触高斯,关于吸附能计算请大家指点:
我要计算B-D葡萄糖分子每个羟基附近对O2分子的吸附能。
我的方法是:DFT B3LYP 6-311G
步骤:
opt+freq葡萄糖分子(A),opt+freq O2分子(B)
将优化好的O2分子copy到优化好的葡萄糖分子中。
将O2分子放在需要计算的位置,然后opt+freq优化得到总能量(C)。

用C的能量减去A再减去B

碰到的问题是:
优化好的C中氧分子已经不在我需要计算的羟基附近,而优化成了其他结构。
不知道这个问题怎么解决?

谢谢了!!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

colinmacrean

新虫 (初入文坛)

别沉下去啊,麻烦大虾们帮帮忙
2楼2012-07-18 08:34:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanbo528

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
dbb627: 金币+2, 谢谢应助! 2012-07-21 22:39:50
你的计算步骤应该没什么问题。
多试试几种摆放构型吧,而且O2分子在葡萄糖上吸附位点是否就是你说的羟基呢?有没有可能O2更倾向于在别的地方吸附?另外,根据你目前的结构,算出的吸附能是否是负值?如果是,说明O2在别的地方发生了吸附。
最后,摆放初始结构时,O2与羟基之间的距离不要太近,否则计算时会突然弹开(我用Dmol3时遇到过)。一种可能的办法是先放远一点,然后慢慢靠近。
3楼2012-07-18 17:09:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

colinmacrean

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hanbo528 at 2012-07-18 17:09:54
你的计算步骤应该没什么问题。
多试试几种摆放构型吧,而且O2分子在葡萄糖上吸附位点是否就是你说的羟基呢?有没有可能O2更倾向于在别的地方吸附?另外,根据你目前的结构,算出的吸附能是否是负值?如果是,说明O ...

非常感谢!您说的不要距离太近,请问有没有大致的距离参数呢?一般吸附应该摆放距离多远?谢谢!
4楼2012-07-19 15:53:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanbo528

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by colinmacrean at 2012-07-19 15:53:25
非常感谢!您说的不要距离太近,请问有没有大致的距离参数呢?一般吸附应该摆放距离多远?谢谢!...

建议距离在2.5-3A左右。
5楼2012-07-19 16:01:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

colinmacrean

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by hanbo528 at 2012-07-19 16:01:12
建议距离在2.5-3A左右。...

谢谢!我先试试看
6楼2012-07-19 16:13:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

菡萏00

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你用的是什么基组?我做的是离子液体和氧气的吸附,跟你用的是相同的方法,总是报错,收敛不下去?但是用相同的方法分别计算离子液体和氧气的时候 是可以的,为什么不能合起来计算?帮帮忙。
7楼2018-08-08 11:07:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 colinmacrean 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国自然评审意见 +7 wangmingqi 2026-08-28 8/400 2026-08-28 18:42 by zhuzg0628
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +8 苏东坡二世 2026-08-23 8/400 2026-08-28 14:41 by lkforward
[基金申请] 基金不中,共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +4 gdd2018 2026-08-28 9/450 2026-08-28 14:22 by jklily
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 明天应该可查了!? +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
信息提示
请填处理意见