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wy135033405

木虫 (小有名气)

[求助] 无模板pcr合成短片段 一直失败

在下需要合成的片段为107bp,为了节省开支,设计了6条短引物,以数字大致表示如下(一条链的5' 端为起点,互补链也从该方向计数,加' 表示):

p1: 1-30  p2:15'-45'  p3: 31-60 p4: 46'-75'  p5: 60-90 p6: 76'-107'

如图

6条引物去除重叠部分可以拼凑成目的片段,目前使用多种酶、体系、反应条件均无法p出目的片段,在不重新设计引物的条件下,请大家提供些意见。本帖只为求助,如果确实通过您的方案做出结果,另赠100金币,绝不食言。

图示
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lihegang2000

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这么短的片段不需要PCR,两两退火,磷酸化之后连接起来就可以了
10楼2012-07-16 23:10:46
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wcg129

禁虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+3, 鼓励发帖交流问题。 2012-07-16 20:17:58
wy135033405: 金币+5, 有帮助 2012-07-17 11:34:45
本帖内容被屏蔽

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2楼2012-07-16 17:10:17
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84146922

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wy135033405: 金币+5, 有帮助 2012-07-17 11:34:33
可以考虑先加入三段进行PCR15个循环,然后再加入后三段引物进行PCR30循环,我之前试过这样做,希望可以给予你帮助。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2012-07-16 19:06:30
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wy135033405

木虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by wcg129 at 2012-07-16 17:10:17
107bp
这样做省不了多少钱,直接合成也才几百块钱
个人觉得合成还经济些,主要是合成时间要10+天,慢

真的要这么做可以试试
但是看你的设计不是很理解,你P2/P4/P6是和P1/P3/P5序列在同一条链上还是互补链?
...

唉,直接合成的话论文就少了一部分内容嘛……但是实际上我已经做了超过十天了,而且各种酶和marker之类的估计也抵过省下那点钱了……

是互补链,能不能详细讲一下?
4楼2012-07-16 20:41:16
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