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zhouzhiguang

金虫 (小有名气)

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专业: 药物设计与药物信息

[求助] 谁能帮我从PDB库里下一个CDK1 ,CDK2，以及BCL-2蛋白质的PDB结构啊？

PDB库里都是一些复合物以及各种各样提取物的结构，我都不知道该下哪个啊？帮帮我吧，老板催的急啊。可以把网址直接发给我的。感激不尽 CDK1 ,CDK2，以及BCL-2蛋白质

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让我们high起来！

1楼 2012-07-09 18:40:51

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zhouzhiguang

金虫 (小有名气)

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1. PDB的构象是晶体构象，是从溶液结晶出来的，与人体内的实际构象一定是有微小差异的，因为毕竟环境不同，但这种差异是比较小的，可以认为相同
2. 优化的是H原子，以及部分残基，如果你补了缺失残基的话，一般没有进行基本骨架优化的。优化H原子是因为PDb不保存H原子，通过软件加上的H取向是随机的，会存在很多bad contact
3. Em\PR\MD是基本的蛋白质分子动力学模拟的步骤，每一步的构象确实在变，但这种变化是一种围绕真实构象的波动，不是远离真实构象的变化