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zhouzhiguang

金虫 (小有名气)

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专业: 药物设计与药物信息

[求助] 谁能帮我从PDB库里下一个CDK1 ,CDK2，以及BCL-2蛋白质的PDB结构啊？

PDB库里都是一些复合物以及各种各样提取物的结构，我都不知道该下哪个啊？帮帮我吧，老板催的急啊。可以把网址直接发给我的。感激不尽 CDK1 ,CDK2，以及BCL-2蛋白质

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让我们high起来！

1楼 2012-07-09 18:40:51

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zhouzhiguang

金虫 (小有名气)

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1，pdb数据库中的构象一般由两种途径获得，一种是x射线衍射法，另一种是NMR的方法。这两种方法所得的构象都不是生物体中的构象。一般来说NMR的方法所获得的是溶液中的构象，更接近于生物体体液中的构象，而x射线衍射法得到的构象是低温晶体构象，不是溶液中的构象。
2，不管用什么方法所得到的pdb结构都需要优化，这是因为pdb结构中只有重原子，氢原子是用软件加上去的，所以存在很多不合理的地方。做模拟的第一步是首先要保证这个结构是一个比较合理和稳定的结构，所以必须优化。
3，我们做动力学模拟的目的是要模拟蛋白大分子在生物环境中的状态，它在现实中本来就是不断变化的，我们就是要模拟这种不断变化的状态，然后用统计去分析相关性质，这样所得到的数据才会更加真实可信。

dolphin100 (站内联系TA)
晶体结构静态的,肯定跟生物体内不一样, 测定的只是结构的一个状态, 优化好结构中由于实验测定误差的错误后,MD跑起来,模拟出构象的一些可能接近真实的状态,这个得根据你MD设置条件所决定