| 查看: 1890 | 回复: 7 | ||||
luojin7653银虫 (正式写手)
|
[求助]
对irc得到的结构是否可以（or 需要）作进一步结构优化？
|
|
本人现在找到需要的一个可能的过渡态结构（有关构型变化的），结构中虚频振动的方向与构型变化的趋势符合。 对该过渡态结构进行irc验证（正常结束），发现irc跑出的两端的化合物结构虽然有差异但变化不大，关键是未能得到两种预期的稳定构型（A和B）.... 如果将反应物和产物取出重新进行结构优化，可以分别正常得到目标的稳定构型(A和B）。不知道这样做能否帮助确认我所找到的过渡态结构是否是可靠的呢？ P.s 结构中存在一个极易旋转的大基团，不知道是不是因为这个导致irc不能彻底跑到能量最低点 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 气态分子化学动力学 | 计算菜鸟 |
» 猜你喜欢
085404（计算机技术）293分 希望调剂到材料相关专业
已经有2人回复
-
085404（计算机技术）293分 希望调剂到材料相关专业
已经有1人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有59人回复
-
085404（计算机技术）293分 希望调剂到材料相关专业
已经有0人回复
-
ELISA试验中不容忽视的细节盘点(二)
已经有0人回复
-
汕头大学化学招调剂，相关内容如下。
已经有4人回复
-
细胞培养，这22个细节一定要注意！（一）
已经有0人回复
-
CSC访学博后项目获批，外方学校暂停合作该怎么办？
已经有51人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
ts找到过渡态，可以把做irc两端的点提出来优化作为反应物和产物的稳定结构么？
已经有12人回复- 结构优化计算不收敛，是怎么回事？求帮助
已经有6人回复
- H离子怎么优化得到能量？
已经有8人回复
- MOPAC结构优化如何得到分子结构文件
已经有5人回复
- 请教一个老问题：结构优化时的对称性问题
已经有17人回复
- 为啥我用gaussian跑的IRC图会是这样？
已经有9人回复
- 大家觉得这样的结构，应该叫什么结构为好啊？
已经有12人回复
- 农药增效剂有哪些，天然化合物和化学合成的都行
已经有6人回复
- 坐标文件判断是fcc，hcp，bcc，sc等结构的算法或者方法
已经有16人回复
- <求助>VASP 结构优化收敛，静态计算不收敛。（INCAR KPOINTS POSCAR附上）
已经有4人回复
- 结构优化的结果竟然重复不出来，每次优化后的结构都不一样，求高手解答……
已经有9人回复
- 晶体结构优化和画能带图的方法是否保持一致？？？
已经有12人回复
- vasp优化结构中出现的问题
已经有10人回复
- VASP优化结构遇到的问题。
已经有9人回复
- 【活动or资源】vasp晶体结构优化
已经有142人回复
- 【求助】用gaussian view打开优化好的结构后,将断裂键连上,是否影响后面计算
已经有9人回复
- 【求助】优化的结果，scf计算该结构，force为什么仍然很大？
已经有7人回复
- 【求助】castep结构优化与性质计算
已经有5人回复
- 【求助】Castep中结构优化后晶胞参数差别较大 vasp高手也帮我看一下
已经有22人回复
书万里
木虫 (著名写手)
历史控+原著控
- 应助: 70 (初中生)
- 金币: 3295.6
- 散金: 742
- 红花: 8
- 沙发: 4
- 帖子: 1519
- 在线: 466.7小时
- 虫号: 1244505
- 注册: 2011-03-25
- 性别: GG
- 专业: 中国通史
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
luojin7653: 金币+6, ★★★很有帮助, 谢谢 那这样需不需要在文章中进行说明？我的步长和点数都做过了的 还是一样 其实我irc跑出来结构差异很小 就差个0.2-0.3 A 键长的样子 但我的稳定结构相差明显 大概有0.6-0.7个键长 2012-07-08 21:23:45
gmy1990: 金币+1 2012-07-08 21:56:18
luojin7653: 金币+4, ★★★很有帮助 2012-07-09 19:13:17
感谢参与，应助指数 +1
luojin7653: 金币+6, ★★★很有帮助, 谢谢 那这样需不需要在文章中进行说明？我的步长和点数都做过了的 还是一样 其实我irc跑出来结构差异很小 就差个0.2-0.3 A 键长的样子 但我的稳定结构相差明显 大概有0.6-0.7个键长 2012-07-08 21:23:45
gmy1990: 金币+1 2012-07-08 21:56:18
luojin7653: 金币+4, ★★★很有帮助 2012-07-09 19:13:17
|
我也这样干过，优化irc两边的结构，应该是可以的。 不过，你的irc可以加大步长，点数再做做 |
2楼2012-07-08 21:19:24
zhangji3013
金虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 1313
- 散金: 63
- 帖子: 232
- 在线: 107.5小时
- 虫号: 532956
- 注册: 2008-03-25
- 专业: 物理有机化学
| 有过一样的情况，增加点数，减小步长，但是irc跑不了几步就停了，结构跟TS很接近，甚至，键长相差不到0.1埃，取irc两边点做优化，没有得到极小值点，而是一个虚频的TS，但是优化时加opt=calcfc, 能走到想要的中间体。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
luojin76533楼2012-07-09 15:15:18
luojin7653
银虫 (正式写手)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 274.4
- 散金: 524
- 红花: 1
- 帖子: 752
- 在线: 232.9小时
- 虫号: 1208334
- 注册: 2011-02-21
- 性别: GG
- 专业: 环境分析化学
4楼2012-07-09 15:36:03
zhangji3013
金虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 1313
- 散金: 63
- 帖子: 232
- 在线: 107.5小时
- 虫号: 532956
- 注册: 2008-03-25
- 专业: 物理有机化学
5楼2012-07-09 16:28:13
6楼2012-08-22 09:04:24
zhangji3013
金虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 1313
- 散金: 63
- 帖子: 232
- 在线: 107.5小时
- 虫号: 532956
- 注册: 2008-03-25
- 专业: 物理有机化学
7楼2012-08-23 11:14:39
8楼2012-08-24 09:25:58