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btx362237729

金虫 (正式写手)

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[交流] 构建载体，目的基因容易发生SNP，但是699bp有10个之多，是不是有问题，太多了吧？

从cDNA做PCR,好不容易连上了，但是测序发现有10个序列不对，查到这个基因很容易出现SNP（单核苷酸多态性），去NCBI的SNP数据库查但是看不懂结果。

求高人指导，万分感谢！！！！！！！！！

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1楼 2012-07-08 01:11:48

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btx362237729

金虫 (正式写手)

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引用回帖:

10楼: Originally posted by 凡子1985 at 2012-07-08 22:45:11
首先搞清楚突变是不是PCR时出现的，　用高保真　低循环数PCR。　一般SNP都是发生在密码子第二或者第三位这么短的序列不可能SNP频率这么高　　如果真是这样　就值得分析了

目的基因序列是参考的NCBI genBANK数据库，但是它的数据都是源自C57小鼠的，而我的cDNA源自BABL/C品系小鼠，而且目的基因具有容易发生SNP的特性。所以我觉得应该是这里造成的差异。NCBI SNP数据库认为这段序列有5个SNP位点（当然数据来自C57小鼠）。

cDNA为模版做PCR，taq酶很容易发生错配？从前200多bp就开始错不大可能吧