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btx362237729

金虫 (正式写手)


[交流] 构建载体,目的基因容易发生SNP,但是699bp有10个之多,是不是有问题,太多了吧?

从cDNA做PCR,好不容易连上了,但是测序发现有10个序列不对,查到这个基因很容易出现SNP(单核苷酸多态性),去NCBI的SNP数据库查但是看不懂结果。

求高人指导,万分感谢!!!!!!!!!

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btx362237729

金虫 (正式写手)


引用回帖:
10楼: Originally posted by 凡子1985 at 2012-07-08 22:45:11
首先搞清楚突变是不是PCR时出现的, 用高保真 低循环数PCR。 一般SNP都是发生在密码子第二或者第三位 这么短的序列不可能SNP频率这么高  如果真是这样 就值得分析了

目的基因序列是参考的NCBI genBANK数据库,但是它的数据都是源自C57小鼠的,而我的cDNA源自BABL/C品系小鼠,而且目的基因具有容易发生SNP的特性。所以我觉得应该是这里造成的差异。NCBI SNP数据库认为这段序列有5个SNP位点(当然数据来自C57小鼠)。

cDNA为模版做PCR,taq酶很容易发生错配?从前200多bp就开始错不大可能吧
21楼2012-08-06 13:31:46
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查看全部 23 个回答

btx362237729(金币+1): 谢谢参与
太专业了。
2楼2012-07-08 06:30:20
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霹雳光

至尊木虫 (著名写手)



btx362237729(金币+1): 谢谢参与
我也是刚学分子生物学,得多学习啦
3楼2012-07-08 09:39:15
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547star

木虫 (著名写手)



btx362237729(金币+1): 谢谢参与
比较一下蛋白质序列看看有多少突变了?
5楼2012-07-08 13:18:11
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