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桃子老好吃

金虫 (小有名气)

[求助] 同样条件下的,对照菌株比样品菌株的PCR目标条带亮很多

大家好,我最近在实验过程中遇到了一个问题,我在跑PCR的过程中,发现对照菌株的DNA跑 出来的条带很清晰,引物二聚体少,而我的样品DNA的条带很比较浅,二聚体现象明显。重复了好几次都是这样的情况,反应条件跟反应体系都是一样的,两个菌株的DNA是同等条件下提取出来的,经过跑电泳与纯度及浓度测试,相差不大,并且在PCR时都将其稀释到相同的浓度范围。实验目的是检测目标条带的出现,我的样品有条带出现,但比marker的稍微浅些,对照的则比marker亮很多。麻烦大家帮我解释一下,谢谢。
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shenye.judy

木虫 (正式写手)

可能是你的样品DNA里面目的序列少?你们的菌株可以直接做菌液PCR吗?
4楼2012-07-04 15:45:40
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shenye.judy

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-07-03 15:19:14
这是你的对照里面有的目标基因多一些。
你的对照是阴性对照的话,可能你的对照样本出问题了?污染了?
如果是阳性对照就没问题!
2楼2012-07-01 14:22:53
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桃子老好吃

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by shenye.judy at 2012-07-01 14:22:53
这是你的对照里面有的目标基因多一些。
你的对照是阴性对照的话,可能你的对照样本出问题了?污染了?
如果是阳性对照就没问题!

对照是阳性对照 在进行PCR时是设定对照与样品的模板反应量是一样的 所以不同的应该是两个菌本身的序列结构吧 这个引物是根据菌株的16S rRNA序列设计的 但是16S rRNA序列保守起来还是挺保守的呀 加上样品并不是扩增不出来 而是扩增的少 这点很奇怪
3楼2012-07-03 09:02:59
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桃子老好吃

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by shenye.judy at 2012-07-04 15:45:40
可能是你的样品DNA里面目的序列少?你们的菌株可以直接做菌液PCR吗?

可能是 我再试试直接菌液PCR
5楼2012-07-07 20:38:29
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