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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 同样条件下的，对照菌株比样品菌株的PCR目标条带亮很多
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桃子老好吃

金虫 (小有名气)

[求助] 同样条件下的，对照菌株比样品菌株的PCR目标条带亮很多

大家好，我最近在实验过程中遇到了一个问题，我在跑PCR的过程中，发现对照菌株的DNA跑 出来的条带很清晰，引物二聚体少，而我的样品DNA的条带很比较浅，二聚体现象明显。重复了好几次都是这样的情况，反应条件跟反应体系都是一样的，两个菌株的DNA是同等条件下提取出来的，经过跑电泳与纯度及浓度测试，相差不大，并且在PCR时都将其稀释到相同的浓度范围。实验目的是检测目标条带的出现，我的样品有条带出现，但比marker的稍微浅些，对照的则比marker亮很多。麻烦大家帮我解释一下，谢谢。
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1楼 2012-06-30 09:24:24
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shenye.judy

木虫 (正式写手)
可能是你的样品DNA里面目的序列少？你们的菌株可以直接做菌液PCR吗？
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4楼2012-07-04 15:45:40
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shenye.judy

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-07-03 15:19:14
这是你的对照里面有的目标基因多一些。
你的对照是阴性对照的话，可能你的对照样本出问题了？污染了？
如果是阳性对照就没问题！
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2楼2012-07-01 14:22:53
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桃子老好吃

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shenye.judy at 2012-07-01 14:22:53
这是你的对照里面有的目标基因多一些。
你的对照是阴性对照的话，可能你的对照样本出问题了？污染了？
如果是阳性对照就没问题！

对照是阳性对照 在进行PCR时是设定对照与样品的模板反应量是一样的 所以不同的应该是两个菌本身的序列结构吧 这个引物是根据菌株的16S rRNA序列设计的 但是16S rRNA序列保守起来还是挺保守的呀 加上样品并不是扩增不出来 而是扩增的少 这点很奇怪
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3楼2012-07-03 09:02:59
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桃子老好吃

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by shenye.judy at 2012-07-04 15:45:40
可能是你的样品DNA里面目的序列少？你们的菌株可以直接做菌液PCR吗？

可能是 我再试试直接菌液PCR
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5楼2012-07-07 20:38:29
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