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湖人湖人

铁杆木虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
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帖子: 85
在线: 244.8小时
虫号: 584191
注册: 2008-08-01
专业: 植物遗传学

[求助] 请帮忙编写一个perl程序处理文本(提取GI号) 已有1人参与

现在我碰到这样一个问题，我有一个文本文件1.txt，是Blastx的结果，内容如下：
gi|293567070|gb|FS329526.1|FS329526,gi|219980050|emb|CAX06392.1|,33.96,106,70,0,406,723,256,361,5e-014,72.0
gi|293567070|gb|FS329526.1|FS329526,gi|219980050|emb|CAX06392.1|,30.43,161,107,3,244,711,28,188,7e-013,68.2
gi|293567070|gb|FS329526.1|FS329526,gi|219980050|emb|CAX06392.1|,32.31,130,84,2,334,711,180,309,1e-012,67.4
gi|293567065|gb|FS329521.1|FS329521,gi|388506924|gb|AFK41528.1|,42.27,220,115,1,107,766,67,274,9e-043, 167
gi|293567064|gb|FS329520.1|FS329520,gi|388510998|gb|AFK43565.1|,80.84,167,32,0,239,739,16,182,1e-079, 289
。。。。。。
后面还有很多序列，总共大概3M左右。
现在想提取前面核酸序列的GI号：gi|293567070，gi|293567065。。。输出为txt文本，其中重复的只输出一个，
另外，再输出一个文本，提取后面蛋白序列的GI号：gi|219980050，gi|388506924。。。重复的也是只输出一个。
各位大虾，请问怎样编写一个perl程序处理上面的问题啊？谢谢了！

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1楼 2012-06-25 11:57:12

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wx8359166

铁虫 (初入文坛)

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在线: 5.1小时
虫号: 1872503
注册: 2012-06-29
性别: GG
专业: 生物信息学

必须正则表达式啊

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6楼2012-06-29 16:39:02

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longwen36

铁杆木虫 (正式写手)

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红花: 16
帖子: 344
在线: 208.4小时
虫号: 766090
注册: 2009-05-08
性别: GG
专业: 功能陶瓷

用正则表达式吧，规律一样的话。用matlab我会。

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2楼2012-06-25 12:49:44

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christina1213

木虫 (正式写手)

应助: 6 (幼儿园)
金币: 4201.9
散金: 20
帖子: 657
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虫号: 599542
注册: 2008-09-11
专业: 生物信息学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
湖人湖人: 金币+10, ★有帮助, 用Excel删除重复项 2012-06-25 21:57:16
xzhdty: 金币+1, 谢谢 2012-06-26 06:19:02
湖人湖人: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-06-26 21:02:39

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

open (IN, "<1.txt"