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xiaoluoj

金虫 (正式写手)

[求助] VESTA中如何截取任意截面

如题,如果我做一个空位后,vasp计算得到CHGCAR。如果我想看这样一个截面的2D图像,即空位周围3个原子决定的面,如何截取?欢迎高手赐教
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hakuna

木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-06-05 11:13:18
算一下那三个原子所确定平面在三轴上截长整数比确定要截的面,再调整一下到原点的距离就可以。动动手多试一下,很简单。
2楼2012-06-05 10:55:17
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
WDD880227: 金币+1, 多谢指导 2012-06-05 16:57:03
xiaoluoj: 金币+2, ★★★★★最佳答案, 谢谢! 2012-06-05 17:37:48
正确的做法是:Edit---->Lattice planes------>Caculate the best plane for the selected atoms

如下图所示,三个黄色十字架是选定的原子。


3楼2012-06-05 13:56:47
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xiaoluoj

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by fzx2008 at 2012-06-05 13:56:47
正确的做法是:Edit---->Lattice planes------>Caculate the best plane for the selected atoms

如下图所示,三个黄色十字架是选定的原子。
6c/b5/621341_1338875802_861.png

还有一个问题,能否在切出的2D图像上显示出原子
4楼2012-06-05 17:40:04
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hakuna

木虫 (知名作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by fzx2008 at 2012-06-05 13:56:47
正确的做法是:Edit---->Lattice planes------>Caculate the best plane for the selected atoms

如下图所示,三个黄色十字架是选定的原子。
6c/b5/621341_1338875802_861.png

老版本没这个功能,需要比较新的版本才可以
5楼2012-06-05 22:39:14
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xiaoluoj

金虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by hakuna at 2012-06-05 22:39:14
老版本没这个功能,需要比较新的版本才可以...

在新的版本中怎么设置呢?
6楼2012-06-06 09:47:55
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hakuna

木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
贺仪: 金币+5, 1ST强帖+1, 辛苦了!很详细,谢谢指导! 2012-06-06 21:03:53
引用回帖:
6楼: Originally posted by xiaoluoj at 2012-06-06 09:47:55
在新的版本中怎么设置呢?...

如果只是显示一个几何面,按3楼做即可;
如果你想看电荷密度分布,可以这样做:
打开CHGCAR文件-->点击左下角“boundary”-->在弹出的窗口里点击“New"-->按住shift键,鼠标点击要选中的三个原子-->在刚才的窗口里点击“Calculate the best plane for the selected atoms",此时,在此按钮下面的面指标框里会显示除(hkl)的值以及该面到坐标原点的距离d,右边图中会截出该面。你还可以把它周期性展开。
如果想要两维图,记下上面的hkl和d值,点击菜单栏里的“Utilities"-->选择下拉菜单里的“2D data display"-->在弹出的新窗口里点击"slice"-->输入前面记下的hkl和d值-->在这里还可以周期性地展开,即调整x(max)、y(max)、z(max)的值,然后"ok",此时会出来一个两维彩图,没有标注原子,这个有点遗憾,但你一看就知道原子在那里,截图后自己加工一下就可以了。如想把contour图叠加上去,点击“Contour"-->把“linear"改为“logarithmic"(这样做的图好看点儿)-->调一下A、B、N、step等的值,到你满意就行。也可以做展开。
7楼2012-06-06 16:57:05
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hakuna

木虫 (知名作家)

上个图更直观:





8楼2012-06-06 17:15:32
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hakuna

木虫 (知名作家)

按3楼的做了一下,也可以的,只是保留所有原子,有图为证:








9楼2012-06-06 18:03:55
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tsglss

铁杆木虫 (著名写手)

学习了

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
做好自己
10楼2017-08-20 07:30:38
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