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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 卟啉（100—150个原子）高斯计算的计算机配置问题
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六世之爱

铜虫 (小有名气)

[求助] 卟啉（100—150个原子）高斯计算的计算机配置问题

组里一直做卟啉合成，模拟部分一直委托外面的做，现在老师想自己做，但又没有人懂。所以小弟只能上来问问各位战友的意见。我们做卟啉的计算主要是做构型优化，计算下ＬＵＭＯ，ＨＯＭＯ，计算方法一般就是ＤＦＴ，将来也可能引入ＴＤＤＦＴ运算。卟啉大小一般是１００－１５０个原子，其中碳原子５０到７０个吧，剩下的基本都是Ｈ原子。由于我们合成系列化合物比较多，一个系列大概１０个左右，最好一周之内算完。像这种情况应该配置一个什么样的计算机呢？预算大概多少钱？另外，我们学校有一个超算中心，开户免费，现在还处于测试阶段，没有机时费。一个月后开始收机时费，价格未定。不知道这两个选择怎么样选择比较适合我们组的情况。谢谢大家了！
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1楼2012-06-05 09:51:22
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鱼妃

金虫 (著名写手)

挖坑不填

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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六世之爱: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-06-05 11:54:44
每个体系上百原子
一共十个体系
要求一周内算完？！
我勒个去~
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己所不欲，勿施于人；己所欲者，亦勿施人。无论穷达，但守本分；八风不动，独善自身。
2楼2012-06-05 11:47:26
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六世之爱

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 鱼妃 at 2012-06-05 11:47:26
每个体系上百原子
一共十个体系
要求一周内算完？！
我勒个去~

小弟什么都不懂啊，刚接触，组里也没有师兄师姐做这个的。那你估计得多长时间呢？还有自己买计算机和用超算中心的应该怎么选择呢，太感谢了
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3楼2012-06-05 11:54:37
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gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+1 2012-06-05 14:37:43
六世之爱: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-06-05 15:02:35
我们组有人做卟啉，优化，四台机器并行，每台机器双核，1G内存，DFT方法，6-311G(d,p),两到三天。
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叫老猫的兔子
4楼2012-06-05 14:11:13
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六世之爱

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gujing136 at 2012-06-05 14:11:13
我们组有人做卟啉，优化，四台机器并行，每台机器双核，1G内存，DFT方法，6-311G(d,p),两到三天。

看起来每台机器配置也不是很高啊，是否可以通过一台入门级服务器来完成呢，要是两到三天的话
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5楼2012-06-05 14:41:35
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六世之爱

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gujing136 at 2012-06-05 14:11:13
我们组有人做卟啉，优化，四台机器并行，每台机器双核，1G内存，DFT方法，6-311G(d,p),两到三天。

我在一个计算化学群里面听一个说如果我使用学校超算中心申请七八十个CPU使用DFT B3LYP 6-31G（**）的方法计算卟啉分子构象，需要用三天三夜，有这么夸张吗
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6楼2012-06-05 15:42:24
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
六世之爱: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-06-05 15:55:30
引用回帖:
6楼: Originally posted by 六世之爱 at 2012-06-05 15:42:24
我在一个计算化学群里面听一个说如果我使用学校超算中心申请七八十个CPU使用DFT B3LYP 6-31G（**）的方法计算卟啉分子构象，需要用三天三夜，有这么夸张吗...

差不多吧……确实如此。
DFT计算的计算量还是很大的。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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7楼2012-06-05 15:53:52
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六世之爱

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by yjcmwgk at 2012-06-05 15:53:52
差不多吧……确实如此。
DFT计算的计算量还是很大的。
...

4楼说
我们组有人做卟啉，优化，四台机器并行，每台机器双核，1G内存，DFT方法，6-311G(d,p),两到三天。
那这是咋回事捏
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8楼2012-06-05 15:56:19
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by 六世之爱 at 2012-06-05 15:56:19
4楼说
我们组有人做卟啉，优化，四台机器并行，每台机器双核，1G内存，DFT方法，6-311G(d,p),两到三天。
那这是咋回事捏...

你该去问问他们，有没有对称性控制以降低计算量？有没有用RI或其他什么近似方法来加速计算……等等
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9楼2012-06-05 15:59:49
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六世之爱

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by yjcmwgk at 2012-06-05 15:59:49
你该去问问他们，有没有对称性控制以降低计算量？有没有用RI或其他什么近似方法来加速计算……等等...

那要是申请一百多个CPU得算上两三天，按照中科院0.2一CPU时的收费岂不是一个分子就得一千多块钱啊
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10楼2012-06-05 16:44:37
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