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wang-lf09

木虫 (小有名气)

[求助] vasp可以做这样的分子动力学吗?

我的研究对象是层状材料,比如两层石墨烯,其中一层相对另一层沿着某个方向做相对运动,这个过程能用vasp的分子动力学做吗?该怎么设置能实现这种运动,又怎么施加载荷呢?求大侠帮忙,谢谢!
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egogg

木虫 (小有名气)

★
WDD880227: 金币+1, 多谢指教 2012-05-24 16:52:50
我觉得可以通过对两层原子设置不同的初始速率的方式来模拟相对运动,在这种情况下载荷要转换成相对运动的初始速率。模拟系宗可以采取NVE也可以采取NVT。
2楼2012-05-24 14:25:47
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wang-lf09

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by egogg at 2012-05-24 14:25:47:
我觉得可以通过对两层原子设置不同的初始速率的方式来模拟相对运动,在这种情况下载荷要转换成相对运动的初始速率。模拟系宗可以采取NVE也可以采取NVT。

谢谢回复,我还有不明白的。vasp里面能设置不同原子的具有不同速度吗?平行于片层的动力可以转换成原子的速率,但垂直于片层的法向载荷也可以吗?
3楼2012-05-24 14:58:16
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egogg

木虫 (小有名气)

★ ★
WDD880227: 金币+1, 多谢回帖交流 2012-05-24 16:53:07
fzx2008: 金币+1, 谢谢指教 2012-05-27 20:07:21
引用回帖:
3楼: Originally posted by wang-lf09 at 2012-05-24 14:58:16:
谢谢回复,我还有不明白的。vasp里面能设置不同原子的具有不同速度吗?平行于片层的动力可以转换成原子的速率,但垂直于片层的法向载荷也可以吗?

vasp里面可以对不同的原子设置不同的初始速率的,看以参看vasp手册中的POSCAR说明部分。

速度是一个矢量,因此载荷应该被转换成一个速度矢量。

不管怎样,你可以先试试这个方法,问题在实践中产生也可以在实践中解决。
4楼2012-05-24 15:07:09
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suntag

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
uuv2010: 金币+2, 多谢详细指导 2012-05-27 10:58:17
你需要做的是控制石墨烯的上下两层的center of mass,让center of mass做相对运动,而不是控制每一个原子的运动。另外,设置原子的初始速度是没有用的,因为,MD的根本在于牛顿第二定律,F=ma,再由verlet算法计算速度,最终速度还是由你体系的受力决定的。

VASP的BO MD比较慢,advanced MD也许可以控制center of mass,不过我没试过,CPMD,或者CP2K都可以做constrained或者restraintesd MD,应该可以控制center of mass,我也没试过。

如果只考虑物理作用,可以试试lammps,这个完全可以做。
5楼2012-05-27 10:52:15
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yaneehan2010

银虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by suntag at 2012-05-27 10:52:15
你需要做的是控制石墨烯的上下两层的center of mass,让center of mass做相对运动,而不是控制每一个原子的运动。另外,设置原子的初始速度是没有用的,因为,MD的根本在于牛顿第二定律,F=ma,再由verlet算法计算速 ...

你好,我要做小分子(如氧气,氢气类)的碰撞模拟,希望输出分子的碰撞轨迹,碰撞前后的角度等,不知VASP能否做呢?请指教,万分感谢
6楼2012-06-04 19:55:11
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qiqi2926

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
xueht987: 金币+1, 谢谢回帖! 2012-06-05 19:52:14
动力学的话,试试siesta吧,这个貌似很好。
7楼2012-06-05 19:06:14
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半七

新虫 (初入文坛)

楼主是建立了单层结构算的吗?还是体材料,扩胞了吗

发自小木虫Android客户端
8楼2018-03-27 17:08:54
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