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铜虫 (正式写手)

[求助] 如何根据CDS序列设计引物

本人正准备做，以前没做过，请问下大家，如何根据CDS序列设计引物，即ATG。。。。TAG，该基因序列已知，这个要连入载体进行表达的，有同学说可以根据它的cDNA就是两端的5‘和3’UTR来设计，这里我想问根据CDS能否可以？怎么设计较好？两者这样设计有没区别？
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1楼 2012-05-16 19:21:31
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cookies12

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lxj341401 at 2012-05-16 21:14:23:
既然基因序列已知，就根据ATG。。。。TAG设计引物好了，这样克隆出来可以直接连到表达载体。

如果用PRIMER5.0设计没有合适的，应该怎么办？是不是设计的也不会怎么影响扩增，这中间有没有什么要特别注意的地方？谢谢!
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3楼2012-05-17 12:52:18
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜: 金币+1, 专家考核, 辛苦~ 2012-05-17 08:28:20
cookies12: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2012-05-17 12:53:01
既然基因序列已知，就根据ATG。。。。TAG设计引物好了，这样克隆出来可以直接连到表达载体。
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2楼2012-05-16 21:14:23
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
小丹木木: 金币+2, 提醒的太对了 2012-05-17 14:42:17
引用回帖:
3楼: Originally posted by cookies12 at 2012-05-17 12:52:18:
如果用PRIMER5.0设计没有合适的，应该怎么办？是不是设计的也不会怎么影响扩增，这中间有没有什么要特别注意的地方？谢谢!

PRIMER5.0设计没有合适的可能是设置的限制条件太多的缘故，自己手动设计也可以的，要注意的就是两个引物退火温度不能相差太大，设计酶切位点的时候要注意克隆出来的基因连到载体上不能移码突变。
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4楼2012-05-17 13:55:53
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