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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 只在z方向加压强，xy平面面积固定，如何设定？
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sxsfdx

银虫 (小有名气)

[求助] 只在z方向加压强，xy平面面积固定，如何设定？

只在z方向加压强，xy平面面积固定，如何设定？



如题谢谢！
Pcoupltype               = semiisotropic
; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar):

tau_p                    = 3.0 3.0
compressibility          = 3e-5 3e-5 ；；；；是不是只需要将这里的第一个数字设成0就行了？？？？？？
ref_p                    = 1.0 1.0

我想模拟一个有孔洞的磷脂膜。

还是使用gromacs里面的surface_tension选项？（这个应该是界面的吧，没个例子，没读懂说明，不敢用呢）
望大家指点。
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1楼 2012-05-15 19:32:01
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-15 22:07:30
compressibility          = 0  3e-5
这样设置 xy方向的可压缩性就为0， 因此xy平面就不会变化。

拟一个有孔洞的磷脂膜： 把area/lipid 设置大一些，平衡之后就有孔洞了。你可以仔细阅读加拿大 卡尔加里大学 Tieleman, D. P. 课题组的文章，他们做这方面的模拟比较多，而且做的非常好。
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2楼2012-05-15 20:16:04
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sxsfdx

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-05-15 20:16:04:
compressibility          = 0  3e-5
这样设置 xy方向的可压缩性就为0， 因此xy平面就不会变化。

拟一个有孔洞的磷脂膜： 把area/lipid 设置大一些，平衡之后就有孔洞了。你可以仔细阅读加拿大 卡尔加里大学 ...

非常感谢回复，是不是如果按照你的回复，则可以得到xy面积不变，而z方向的高度可以变化的系统，同时ref_p                    = 1.0 1.0中的第一个数字就不起作用了，并且能保证z方向压强是1bar？呵呵，想快速的先使用一下这个系统，不要怕麻烦！
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3楼2012-05-15 20:39:59
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-15 22:07:46
引用回帖:
3楼: Originally posted by sxsfdx at 2012-05-15 20:39:59:
非常感谢回复，是不是如果按照你的回复，则可以得到xy面积不变，而z方向的高度可以变化的系统，同时ref_p                    = 1.0 1.0中的第一个数字就不起作用了，并且能保证z方向压强是1bar？呵呵，想快速的 ...

不能保证z方向的压强是1bar ，压强波动会很大，你应该看一下这方面的资料，压强波动和你模拟体系大小等有关。

欲速则不达，理解清楚再做不迟。
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4楼2012-05-15 20:47:22
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sxsfdx

银虫 (小有名气)
呵呵，头疼的很，谢谢你的回复！我继续努力吧！呵呵，有新问题再向您请教！
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5楼2012-05-15 20:52:05
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