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蓝慧

木虫 (正式写手)

MolEPI: 1
应助: 15 (小学生)
金币: 2721.8
帖子: 387
在线: 173.2小时
虫号: 1275376

[交流] 克隆文库中的操作分类单元和Rarefaction analysis

在克隆文库评价中，如何理解操作分类单元（OTU）、库容（Coverage）和Rarefaction analysis，请大家指教！

[ Last edited by 蓝慧 on 2012-5-22 at 23:31 ]

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1楼 2012-05-14 18:48:43

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13621005681

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 8
帖子: 3
在线: 45分钟
虫号: 4211918

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

OTU类似于种，是根据高变区序列比对得出的，一般相似度大于97%或95%的序列称为同一个OTU
Coverage与Rarefaction类似，Rarefaction是以16srDNA序列条带数目为横坐标，OTU数目为纵坐标的一条曲线，斜率逐渐平缓，即随16srDNA序列条带数目增加，OTU数目也增加。但最后OTu数目不再增多，证明你的取样数足够大了。也就是覆盖度Coverage足够大。证明取样充分，可以进行后续试验~