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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 克隆文库中的操作分类单元和Rarefaction analysis
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蓝慧

木虫 (正式写手)

[交流] 克隆文库中的操作分类单元和Rarefaction analysis

在克隆文库评价中，如何理解操作分类单元（OTU）、库容（Coverage）和Rarefaction analysis，请大家指教！

[ Last edited by 蓝慧 on 2012-5-22 at 23:31 ]
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1楼 2012-05-14 18:48:43
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

浅草沉钟

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
20楼: Originally posted by xw111202105 at 2014-04-23 16:51:37
计算公式：C=×100，其中n1表示OTUs个数，N表示文库中总的克隆数目...

有什么书可以推荐吗？
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21楼2014-07-18 17:22:16
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普通回帖

蓝慧

木虫 (正式写手)
没有人知道吗？
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2楼2012-05-15 08:39:30
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yuanyeguhong

至尊木虫 (文坛精英)
★
蓝慧(金币+1): 谢谢参与
顶贴！
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3楼2012-05-15 08:48:01
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捡金小儿

新虫 (著名写手)
★
蓝慧(金币+1): 谢谢参与
楼主好运！
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6楼2012-05-15 08:57:23
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拾金昧者

木虫 (著名写手)
★
蓝慧(金币+1): 谢谢参与
楼主真好！
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7楼2012-05-15 09:01:50
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吃虫少妇

金虫 (著名写手)
★
蓝慧(金币+1): 谢谢参与
添人气的！
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8楼2012-05-15 09:06:10
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吃虫少妇

金虫 (著名写手)
楼主好运！
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9楼2012-05-15 09:10:19
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蓝慧

木虫 (正式写手)
蓝慧: 回帖置顶 2012-05-15 16:53:25
啊啊。。。好希望有个人能回复下有关的内容啊！
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10楼2012-05-15 16:53:13
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uneei

金虫 (小有名气)
帮楼主顶，我也想了解
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11楼2012-05-15 19:58:12
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zhsDONG

银虫 (小有名气)
共求！
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12楼2012-05-16 16:47:19
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匿名

用户注销 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖仅楼主可见
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13楼2012-05-16 22:23:23
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蓝慧

木虫 (正式写手)
蓝慧: 回帖置顶 2012-05-19 08:30:58
怎么没有人回答呢，没有人知道吗》
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14楼2012-05-18 22:28:31
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红太郎张玉

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
蓝慧: 回帖置顶 2012-12-24 08:34:10
怎么没人回复，好想知道
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15楼2012-12-23 11:55:43
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蓝慧

木虫 (正式写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by 红太郎张玉 at 2012-12-23 12:55:43
怎么没人回复，好想知道

这贴子到现在几个月了，还没有得到解决方案呢，呵呵！我也是很想知道的
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16楼2012-12-24 08:31:37
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kaykk

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
稀释曲线貌似是看样品量够不够证明可靠性用的，曲线越成直线，说明可靠性高吧，好像。。
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17楼2013-04-22 21:27:29
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蓝慧

木虫 (正式写手)
引用回帖:
17楼: Originally posted by kaykk at 2013-04-22 22:27:29
稀释曲线貌似是看样品量够不够证明可靠性用的，曲线越成直线，说明可靠性高吧，好像。。

那个是叫稀释曲线吗？还有那个是直线吗？到底是直线还是曲线，我到现在看到的是曲线，但是也还不明白是怎么来的，也没有搞懂它的意义。
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18楼2013-04-23 17:59:52
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瑶婧姿

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
18楼: Originally posted by 蓝慧 at 2013-04-23 17:59:52
那个是叫稀释曲线吗？还有那个是直线吗？到底是直线还是曲线，我到现在看到的是曲线，但是也还不明白是怎么来的，也没有搞懂它的意义。...

请问一下，Coverage怎么算来的呀？现在看文献看得很头疼，求解救~~~~·谢谢！
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19楼2013-07-13 16:12:33
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xw111202105

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
19楼: Originally posted by 瑶婧姿 at 2013-07-13 16:12:33
请问一下，Coverage怎么算来的呀？现在看文献看得很头疼，求解救~~~~·谢谢！...

计算公式：C=[1-（n1/N）]×100，其中n1表示OTUs个数，N表示文库中总的克隆数目
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20楼2014-04-23 16:51:37
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13621005681

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
OTU类似于种，是根据高变区序列比对得出的，一般相似度大于97%或95%的序列称为同一个OTU
Coverage与Rarefaction类似，Rarefaction是以16srDNA序列条带数目为横坐标，OTU数目为纵坐标的一条曲线，斜率逐渐平缓，即随16srDNA序列条带数目增加，OTU数目也增加。但最后OTu数目不再增多，证明你的取样数足够大了。也就是覆盖度Coverage足够大。证明取样充分，可以进行后续试验~
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22楼2015-11-11 15:30:59
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简单回复
8673929494楼
2012-05-15 08:49   回复  
蓝慧(金币+1): 谢谢参与
啄虫鸟5楼
2012-05-15 08:52   回复  
蓝慧(金币+1): 谢谢参与
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