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求siesta的mesh_cutoff和 kgrid测试脚本【需要继续讨论】
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求siesta的mesh_cutoff和 kgrid测试脚本 [ Last edited by 贺仪 on 2012-5-11 at 08:48 ] |
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3楼2012-05-11 07:47:17
guohuazhong
至尊木虫 (职业作家)
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love5264: 金币+30, ★★★★★最佳答案, 学习了！谢谢！！！ 2012-05-11 07:41:47
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看看下面这个算I-V曲线的脚本就明白怎么弄了 #!/bin/sh # #BSUB -a intelmpi # Bu satiri silmeyin #BSUB # LSF stdout dosyasi ismi .%J.out #BSUB # LSF stderr dosyasi ismi .%J.err #BSUB -q salim.ciraci.q # kuyruk ismi #BSUB -m karadeniz_e1 # -m unam_bladez OR -m n_anadolu #BSUB -n 8 # islemci sayisi 4 8 16 32 #BSUB -R "span[ptile=8]" # #BSUB -J a8-b2-yb # LSF is ismi ncpu=8 ################################################################################ cp ../step-1-electrodes/elec.TSHS . # copy TSHS file from step-1 mkdir cont # read the comment at the end of this script. for i in `seq -w 0.0 0.1 1.8` do cp -r cont $i cd $i cp ../*.psf . cp ../elec.TSHS . cp ../POSITIONS.fdf . cat > INPUT.fdf < SystemLabel scat %block kgrid_Monkhorst_Pack 1 0 0 0.0 0 1 0 0.0 0 0 3 0.0 %endblock kgrid_Monkhorst_Pack xc.functional GGA xc.authors PBE MeshCutoff 300.00000000 Ry SolutionMethod Transiesta OccupationFunction MP ElectronicTemperature 300 K SpinPolarized F FixSpin F MaxSCFIterations 1000 #DM.Tolerance 1.d-5 DM.NumberPulay 6 DM.NumberBroyden 0 DM.MixingWeight 0.1000000000 DM.OccupancyTolerance 0.1000000000E-11 DM.NumberKick 0 DM.KickMixingWeight 0.5000000000 DM.Tolerance 0.1000000000E-03 UseSaveData T MD.NumCGsteps 0 MD.TypeOfRun CG MD.VariableCell F MD.MaxCGDispl 0.2000000000 Bohr MD.MaxForceTol 0.05 eV/Ang #MD.MaxStressTol 0.0001 eV/Ang**3 Diag.ParallelOverK F PAO.EnergyShift 50 meV PAO.SplitNorm 0.1500000000 PAO.BasisType split PAO.BasisSize SZP WriteMullikenPop 0 WriteBands F SaveRho F SaveElectrostaticPotential F SaveTotalPotential F WriteCoorXmol T %block ChemicalSpeciesLabel 1 6 C-GGA %endblock ChemicalSpeciesLabel %include POSITIONS.fdf # Transiesta information SolutionMethod Transiesta # GENGF OPTIONS TS.ComplexContour.Emin -28 eV TS.ComplexContour.NPoles 16 TS.ComplexContour.NCircle 16 TS.ComplexContour.NLine 10 # BIAS OPTIONS TS.biasContour.NumPoints 10 # TS OPTIONS TS.Voltage $i eV # TBT OPTIONS TS.TBT.Emin -3 eV TS.TBT.Emax +3 eV TS.TBT.NPoints 500 TS.TBT.NEigen 3 TS.TBT.Eta 0.000001 Ry # Write electrode hamiltonian TS.SaveHS .true. TS.SaveLead .true. # LEFT ELECTRODE TS.HSFileLeft ./elec.TSHS TS.NumUsedAtomsLeft 16 TS.BufferAtomsLeft 16 # RIGHT ELECTRODE TS.HSFileRight ./elec.TSHS TS.NumUsedAtomsRight 16 TS.BufferAtomsRight 16 ================================================== ================================================== EOF mpirun.lsf -np $ncpu /XXX/transiesta < INPUT.fdf > OUTPUT.fdf cd .. rm -rf cont mkdir cont cp ./$i/scat.TSDE ./$i/scat.TSHS ./$i/scat.DM cont # copy these files for continuation of the next bias step. done |
2楼2012-05-10 21:11:11
