应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 如何将VASP中的CONCAR导入到MS中？？
151/2返回列表12下一页
查看: 2519  |  回复: 14
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者lijuanshu将赠送您 3 个金币

lijuanshu

铜虫 (正式写手)

[求助] 如何将VASP中的CONCAR导入到MS中？？

我做的是金属间化合物的表面催化裂解，表面取得是111，构建7层原子和真空层后需要用VASP进行弛豫，以取得稳定结构，但遇到的难题是如何将生成的CONCAR导入到MS中，好像可以用Compaq Visual Fortran这个编译器实现，但由于没学过Fortan语言，不会编程，找到的一些编好的程序也看不懂，下面贴出程序以及CONCAR，还请大师们帮我解释下程序的大致内容，以及那些需要修改的地方，不胜感激！！！

MODULE PREC
      INTEGER, PARAMETER :: q =SELECTED_REAL_KIND(10)
      INTEGER, PARAMETER :: qs=SELECTED_REAL_KIND(5)
      END MODULE   
       
        program constucture_of_supercell
       USE PREC
        real(q)  deta_d(151)
      real(q) pos(151,3),pos_extend(151,3),pos1(151,3)
        real(q) a1,a2,a3,b1,b2,b3,c1,c2,c3,a,x,y,z

        integer atom_num,supercellnum_a,supercellnum_b,supercellnum_c
      integer pos_num,flag
        integer atom_num1,atom_num2,atom_num3,atom_num4,atom_begin,
     &        atom_end
      character*10 temp,temp_Coordination
      supercellnum_a=1
        supercellnum_b=1
        supercellnum_c=1
      pos_num=1
        flag=1
      
      open(1,file='4.txt',status='old')
      open(2,file='visions-2.xyz',status='unknown')
      open(3,file='deta.out',status='unknown')
        write(*,*) "dasafa"
      
      read(1,*) temp

      read(1,*) a

      read(1,*) a1,a2,a3
        read(1,*) b1,b2,b3
        read(1,*) c1,c2,c3
   !   read(1,*) temp
        read(1,*) atom_num1,atom_num2,atom_num3 !,atom_num4
      
      read(1,*) temp_Coordination
       write(*,*) "2dasafa"
        atom_num=atom_num1+atom_num2+atom_num3+atom_num4

      write(2,*)  (atom_num*supercellnum_a*supercellnum_b*
     &        supercellnum_c)
        write(*,*) "3dasafa"
      write(2,*)   "nomame"
      
      
      do i=1,atom_num
       read(1,*) x,y,z
       write(*,*) x,y,z,i
         pos(i,1)=x
         pos(i,2)=y
         pos(i,3)=z
         pos1(i,1)=x
         pos1(i,2)=y
         pos1(i,3)=z
        enddo
      

      do i=1,atom_num-1
       deta_d(i)=(pos(atom_num-i+1,3)*8-pos(atom_num-i,3)*8-
     &8.574929257125441E-002)/8.574929257125441E-002
                        
      
        enddo
      if((temp_Coordination(1:1).EQ.'D').OR.                        
     &        (temp_Coordination(1:1).EQ.'d'))then
        write(*,*) "This points denote by direct coordinates!"
        write(*,*) "convert to cartsian:"  
         
      do i=1,atom_num
       pos1(i,1)=pos(i,1)*a1+pos(i,2)*b1+pos(i,3)*c1
         pos1(i,2)=pos(i,1)*a2+pos(i,2)*b2+pos(i,3)*c2
         pos1(i,3)=pos(i,1)*a3+pos(i,2)*b3+pos(i,3)*c3
       write(*,*) pos1(i,1)/1.5,pos1(i,2)/1.5,pos1(i,3)/1.5,0
      write(3,*) pos1(i,3)/1.5,0
        write(3,*) pos1(i,3)/1.5,1
         write(3,*) 0.0,0


        enddo
        
        endif



   !   do i=1,atom_num
   !   write(2,*) "cu",pos(i,1),pos(i,2),pos(i,3),pos_num,flag
   !  pos_num=pos_num+1
!        enddo
      
      do jb=0,supercellnum_b-1
           do ja=0,supercellnum_a-1
               do jc=0,supercellnum_c-1
      
      atom_begin=1
        atom_end=atom_num1

        do i=atom_begin,atom_end
       pos_extend(i,1)=pos1(i,1)+a1*ja+b1*jb+c1*jc
       pos_extend(i,2)=pos1(i,2)+a2*ja+b2*jb+c2*jc
       pos_extend(i,3)=pos1(i,3)+a3*ja+b3*jb+c3*jc
      write(8,*) pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3),"T T T"
       pos_extend(i,1)=pos_extend(i,1)*a
       pos_extend(i,2)=pos_extend(i,2)*a
       pos_extend(i,3)=pos_extend(i,3)*a

      write(2,*) "Au",pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3)

        write(31,*) pos_extend(i,1)/a,pos_extend(i,2)/a,pos_extend(i,3)/a

        pos_num=pos_num+1
   
      
      
      
         enddo
       
      atom_begin=atom_num1+1
        atom_end=atom_num2+atom_num1


        do i=atom_begin,atom_end
       pos_extend(i,1)=pos1(i,1)+a1*ja+b1*jb+c1*jc
       pos_extend(i,2)=pos1(i,2)+a2*ja+b2*jb+c2*jc
       pos_extend(i,3)=pos1(i,3)+a3*ja+b3*jb+c3*jc
      write(8,*) pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3),"T T T"
       pos_extend(i,1)=pos_extend(i,1)*a
       pos_extend(i,2)=pos_extend(i,2)*a
       pos_extend(i,3)=pos_extend(i,3)*a


      write(2,*) "C",pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3)
        write(31,*) pos_extend(i,1)/a,pos_extend(i,2)/a,pos_extend(i,3)/a
        pos_num=pos_num+1
         enddo
      
      atom_begin=atom_num2+atom_num1+1
        atom_end=atom_num3+atom_num2+atom_num1

        do i=atom_begin,atom_end
       pos_extend(i,1)=pos1(i,1)+a1*ja+b1*jb+c1*jc
       pos_extend(i,2)=pos1(i,2)+a2*ja+b2*jb+c2*jc
       pos_extend(i,3)=pos1(i,3)+a3*ja+b3*jb+c3*jc
      write(8,*) pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3),"T T T"
       pos_extend(i,1)=pos_extend(i,1)*a
       pos_extend(i,2)=pos_extend(i,2)*a
       pos_extend(i,3)=pos_extend(i,3)*a

      write(2,*) "O",pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3)
        write(31,*) pos_extend(i,1)/a,pos_extend(i,2)/a,pos_extend(i,3)/a
        pos_num=pos_num+1


         enddo

        atom_begin=atom_num3+atom_num2+atom_num1+1
        atom_end=atom_num

             do i=atom_begin,atom_end
       pos_extend(i,1)=pos1(i,1)+a1*ja+b1*jb+c1*jc
       pos_extend(i,2)=pos1(i,2)+a2*ja+b2*jb+c2*jc
       pos_extend(i,3)=pos1(i,3)+a3*ja+b3*jb+c3*jc
      write(8,*) pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3),"T T T"
       pos_extend(i,1)=pos_extend(i,1)*a
       pos_extend(i,2)=pos_extend(i,2)*a
       pos_extend(i,3)=pos_extend(i,3)*a

      write(2,*) "Ag",pos_extend(i,1),pos_extend(i,2),pos_extend(i,3)
        pos_num=pos_num+1
         enddo



              enddo       
            enddo               
        enddo
       

       write(*,*)  "the task finished"
         do i=1,atom_num-1
         write(*,*)  "deta_d",i,i+1,"=",deta_d(i)
   !      write(3,'(A6,I2.2,I2.2,A6,E)')  "deta_d",i,i+1,"=",deta_d(i)
       !  write(*,'(A6,I2.2,I2.2,A6,E)')  "deta_d",i,i+1,"=",deta_d(i)
         enddo
        end
   

      
CONCAR

  Ni3Fe-111
1.000000000000000
       4.327023630626480      -2.498208257932070       0.000000000000001
       0.000000000000000       4.996416515864140       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000      24.238671006281699
  21  7  0
Direct
    0.0000000000000000   0.5000000000000000   0.0000000000000001  F F F
    0.6666666666666670   0.8333333333333330   0.0841538919571259  F F F
    0.3333333333333330   0.1666666666666670   0.1683077839142520  F F F
   -0.0000000000000000   0.4999999999999999   0.2524616758713780  T T T
    0.6666666666666670   0.8333333333333330   0.3366155678285030  T T T
    0.3333333333333330   0.1666666666666670   0.4207694597856290  T T T
   -0.0000000000000001   0.5000000000000000   0.5049233517427550  T T T
    0.5000000000000000   0.5000000000000000   0.0000000000000001  F F F
    0.1666666666666670   0.8333333333333329   0.0841538919571259  F F F
    0.8333333333333330   0.1666666666666671   0.1683077839142520  F F F
    0.5000000000000000   0.5000000000000000   0.2524616758713780  T T T
    0.1666666666666670   0.8333333333333329   0.3366155678285030  T T T
    0.8333333333333330   0.1666666666666660   0.4207694597856290  T T T
    0.5000000000000000   0.5000000000000000   0.5049233517427550  T T T
    0.5000000000000000   0.0000000000000001   0.0000000000000001  F F F
    0.1666666666666670   0.3333333333333329   0.0841538919571258  F F F
    0.8333333333333330   0.6666666666666670   0.1683077839142520  F F F
    0.5000000000000000  -0.0000000000000000   0.2524616758713780  T T T  
    0.1666666666666670   0.3333333333333329   0.3366155678285030  T T T
    0.8333333333333330   0.6666666666666670   0.4207694597856290  T T T
    0.5000000000000000  -0.0000000000000001   0.5049233517427550  T T T
    0.0000000000000001   0.0000000000000002  -0.0000000000000000  F F F
    0.6666666666666661   0.3333333333333330   0.0841538919571259  F F F
    0.3333333333333330   0.6666666666666670   0.1683077839142520  F F F
   -0.0000000000000000   0.0000000000000000   0.2524616758713780  T T T
    0.6666666666666670   0.3333333333333330   0.3366155678285030  T T T
    0.3333333333333330   0.6666666666666670   0.4207694597856290  T T T
   -0.0000000000000002  -0.0000000000000001   0.5049233517427550  T T T
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

lijuanshu

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
第一性原理VASPLinux这些都要学啊
1楼2012-05-07 16:32:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

mengfc

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lijuanshu: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-05-07 17:07:27
fzx2008: 金币+1, 谢谢指教 2012-05-07 18:34:18
用VESTA打开CONTCAR，然后保存成cif格式，就可以导入MS了
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-05-07 17:01:42
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

huangll99

木虫 (职业作家)

21  7  0
楼主，我非常不解这个0是干嘛的？
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-07 16:47:44
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lijuanshu

铜虫 (正式写手)
好像程序里是三种元素，就加了个0
赞一下 回复此楼
第一性原理VASPLinux这些都要学啊
3楼2012-05-07 16:53:23
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lijuanshu

铜虫 (正式写手)
VESTA怎么用啊，能不能说的具体点，我对这些东西都不太懂,谢谢啦
赞一下 回复此楼
第一性原理VASPLinux这些都要学啊
5楼2012-05-07 17:05:59
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengfc

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖！ 2012-05-07 18:33:44
引用回帖:
5楼: Originally posted by lijuanshu at 2012-05-07 17:05:59:
VESTA怎么用啊，能不能说的具体点，我对这些东西都不太懂,谢谢啦

把CONTCAR拖VESTA的界面里就可以了，需要的话可以问我要
赞一下 回复此楼
6楼2012-05-07 17:10:49
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lijuanshu

铜虫 (正式写手)
谢谢啦，我QQ是479451646，我刚刚下了个，但是在MS中打不开，不知道为什么，还请指教
赞一下 回复此楼
第一性原理VASPLinux这些都要学啊
7楼2012-05-07 17:29:20
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

youzhizhe

荣誉版主 (职业作家)

有志者

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+2, 谢谢指教 2012-05-07 18:34:08
引用回帖:
4楼: Originally posted by mengfc at 2012-05-07 17:01:42:
用VESTA打开CONTCAR，然后保存成cif格式，就可以导入MS了

正解。VESTA下载可以在本版资源区找，最新版的请直接登录其官方网站http://jp-minerals.org/vesta/en/。
赞一下 回复此楼
微博http://weibo.com/10986069
8楼2012-05-07 18:09:09
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jixiao0526

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-05-08 08:40:36
VESTA很好用，直接把CONTCAR拖进去，然后save as 选*.cif就行了
赞一下 回复此楼
9楼2012-05-07 23:30:55
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lijuanshu

铜虫 (正式写手)
送鲜花一朵
VESTA我学会用了，先将CONTCAR保存为COMTCAR.vasp，在VESTA中打开，再Expose data，保存成CONTCAR.cif，就可以在MS中打开了，不过有人知道上面的程序是怎么回事吗，继续求救啊！！
赞一下 回复此楼
第一性原理VASPLinux这些都要学啊
10楼2012-05-08 09:19:23
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lijuanshu 的主题更新
151/2返回列表12下一页
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 硕博人来此 +3 ColonMo 2024-11-16 4/200 2024-11-16 11:26 by yanghu01
[考博] 联系的博导说有时间聊一聊 我回复了自己可以的时间后 博导就没再回复 +5 evan0489 2024-11-15 5/250 2024-11-16 11:21 by jianhuang9
[基金申请] 博后资助名单出来了 +13 Shxjjxjkx 2024-11-14 15/750 2024-11-16 11:12 by kudofaye
[论文投稿] 国内期刊审稿人数量 +4 新时代核动力驴 2024-11-13 6/300 2024-11-16 08:24 by pityzhou
[考博] 随缘读博 一篇中科院一区Top 一篇中科院二区Top 两篇专利 +6 Ricoch4t 2024-11-13 15/750 2024-11-15 19:24 by 青青之洲
[论文投稿] 找不到审稿人 +6 吉祥如意141913 2024-11-13 6/300 2024-11-15 16:48 by LEyblyt
[论文投稿] 小论文影响大论文查重吗？ +3 阿道夫深度 2024-11-14 4/200 2024-11-15 16:19 by sugarmei
[基金申请] 求助 +4 Enenenene 2024-11-15 4/200 2024-11-15 09:36 by 榨菜拌青椒
[硕博家园] 课题和专业一点都不相关怎么办 +7 imt4n9 2024-11-11 10/500 2024-11-15 01:55 by 成长虫
[论文投稿] 投稿系统中的通讯作者和文章中的通讯作者不一样，文章目前被录用了？ +4 babybabygo 2024-11-12 5/250 2024-11-14 19:13 by 走了002
[硕博家园] 研究生的生活该是什么样 +4 lqy0719 2024-11-14 4/200 2024-11-14 16:45 by 阿荣喝酒
[有机交流] 同一个反应回流情况不同 20+3 1853846 2024-11-12 3/150 2024-11-14 15:42 by 太阳谷
[硕博家园] 大龄已婚想读博如何 +15 米娅阳 2024-11-11 18/900 2024-11-14 14:18 by xiaomi0401
[教师之家] 处在人生职业的分水岭 +4 otani 2024-11-13 4/200 2024-11-14 14:17 by mddzwo
[有机交流] 硫谜用双氧水氧化出现的困惑（老板说一定要用双氧水氧化做好）求指教 10+4 luowenwu 2024-11-10 15/750 2024-11-14 10:52 by luolinfeng
[论文投稿] 要不要撤稿另投 10+4 wangzhesd 2024-11-09 8/400 2024-11-14 09:09 by LIU_V
[论文投稿] 求JACS和ACIE的最新文章模板 10+4 Jane060390 2024-11-10 4/200 2024-11-13 09:13 by 北京莱茵润色
[基金申请] 浙江省青基怎么看A还是B？ +8 ToallGoof 2024-11-11 14/700 2024-11-13 09:11 by Praybest
[论文投稿] 爱思唯尔投稿系统里的通讯作者可以和文章里的通讯作者标注不同吗 +7 Omnissiah 2024-11-10 7/350 2024-11-12 14:07 by holypower
[基金申请] 要求论文发表日期在项目执行期内，论文发表日期是在线日期还是见刊日期 +6 Jiangnanyu1 2024-11-09 7/350 2024-11-10 17:49 by jurkat.1640
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭