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tsh8167

木虫 (小有名气)

[求助] 怎么读取Siesta输出的Hamiltonian and overlap矩阵(*.HSX文件)?

如题,我想计算体系的Hamiltonian and overlap,按Siesta3.1的手册说明,在输入文件里设置参数SaveHS T 后,得到的 *.HSX文件却是乱码,该如何操作了?
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

引用回帖:
15楼: Originally posted by tsh8167 at 2012-07-11 20:37:01
我用的方法和ATK、tbtrans一样,都是用的非平衡格林函数方法来计算透射系数和电流的,代码方面,由于非平衡格林函数方法既可以用来计算电流,也可以计算热流,而我的代码经过热流(包括声子色散曲线)计算的验证。
...

既然你用的是和ATK以及tbtrans一样的非平衡格林函数方法,那就是剩下的代码执行的差异了。关于tbtrans的代码我也想弄懂,但是现在对我来说完全弄懂还是有困难的。里面涉及的细节问题更是不懂的地方很多。其中关键的地方就是表面格林函数的获得以及自能的求解。在tbtrans中自能是能量的函数,而不是一个常数。至于透射谱的计算,我想就是对传输矩阵的对角化。
弘德明志博学笃行
16楼2012-07-11 22:04:43
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
tsh8167: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-05-04 20:24:27
fzx2008: 金币+3, 谢谢指教 2012-05-04 20:58:06
tsh8167: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-05-30 12:26:27
那个文件是用的unformated格式记录的,机器能读。你要是想看的话,你可以将Src目录m_hsx.F文件中第106行
          open( iu, file=fname, form='unformatted', status='unknown' )
修改为
          open( iu, file=fname, form='formatted', status='unknown' )
输出的文件,你打开就可以看了。
弘德明志博学笃行
2楼2012-05-04 19:03:34
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

★ ★
fzx2008: 金币+2, 谢谢指教 2012-05-04 20:58:13
当然,你修改文件后,替换掉原来的。需要对代码重新编译。一个最简单的办法就是将Scr的m_hsx.F文件修改后,在编译目录下面(估计你用的是Obj目录)只把以m_hsx.mod,m_hsx.o删除后,然后直接make开始编译。这样编译省不少时间。
弘德明志博学笃行
3楼2012-05-04 19:08:22
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tsh8167

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zhangguangping at 2012-05-04 19:08:22:
当然,你修改文件后,替换掉原来的。需要对代码重新编译。一个最简单的办法就是将Scr的m_hsx.F文件修改后,在编译目录下面(估计你用的是Obj目录)只把以m_hsx.mod,m_hsx.o删除后,然后直接make开始编译。这样编译 ...

我照改了,但是重新编译后,计算会出现
forrtl: severe (256): unformatted I/O to unit open for formatted transfers, unit 15, file /home/tsh/softs/siesta/siesta-3.1/Tests/h2o/h2o.HSX 的错误,不知该如何处理?
4楼2012-05-04 20:25:42
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