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Yolanda7

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] MS中各基组的含义

大家好。我在学习MS。先用dmol3计算了H2O分子的算例：DNP基组。我对于基组的设置不太明白，读不懂.outmol中的关于基组的部分
“Hydrogen     nbas=  1, z=   1, nrfn=  3, rcut=  6.99, e_ref= -0.043138 Ha  rcore=  0.00  zval=   1.00   1.00
n主量子数  L 轨道量子数 occ：占据程度   e：此轨道的本证能量
  n=1  L=0  occ= 1.00 e=      -0.232994Ha        -6.3401eV
  n=1  L=0  occ= 0.00 e=      -0.844913Ha       -22.9913eV
  n=2  L=1  occ= 0.00 e=      -1.999991Ha       -54.4226eV
Oxygen       nbas=  2, z=   8, nrfn=  7, rcut=  6.99, e_ref= -0.057357 Ha  rcore=  0.00  zval=   8.00   8.00
  n=1  L=0  occ= 2.00 e=     -18.907598Ha      -514.5021eV
  n=2  L=0  occ= 2.00 e=      -0.876373Ha       -23.8473eV
  n=2  L=1  occ= 4.00 e=      -0.330740Ha        -8.9999eV
  n=2  L=0  occ= 0.00 e=      -2.144799Ha       -58.3630eV
  n=2  L=1  occ= 0.00 e=      -1.593898Ha       -43.3722eV
  n=3  L=2  occ= 0.00 e=      -2.722210Ha       -74.0751eV
  n=3  L=2  occ= 0.00 e=      -1.387900Ha       -37.7667eV  eliminated
”
我想问下，nbas(？) e_ref(the calculated atomic reference energy)具体是什么意思，如何得到的？nrfn好像是给定原子的基函数的数目。本例中O的第七个函数怎么是eliminated？帮助文件中好像说： “The atomic program generates all atomic numeric basis sets, typically with several polarization functions. These functions can be used in a DMol3 calculation by using the extended or all keyword. You can select specific orbitals to be used in the calculation by using the user keyword.” 所以，程序一开始就产生所有的原子基组，包括极化函数；然后，使用时，根据DNP DN DND等类型的指定，确定哪些基组是有用的 或 eliminated？

Minimal、DNP、DN、DND基组具体如何理解？
我查了下资料：
MIN (Minimal)  极小基组，对每一个占据分子轨道用自由原子的一个原子轨道展开；
DN (Double Numeric)  双数字基组，对每一个占据分子轨道近似地用自由原子的两个原子轨道展开。我看到MS帮助文件中对O元素采用DN基组后，
  “Oxygen       nbas=  2, z=   8, nrfn=  7, rcut=  6.24, e_ref= -0.054 Ha
                                  rcore=  0.00  zval=   8.00   8.00
   n=1  L=0  occ= 2.00 e=     -18.758046Ha      -510.4326eV
   n=2  L=0  occ= 2.00 e=      -0.871142Ha       -23.7050eV
   n=2  L=1  occ= 4.00 e=      -0.338180Ha        -9.2023eV
   n=2  L=0  occ= 0.00 e=      -2.130079Ha       -57.9624eV
   n=2  L=1  occ= 0.00 e=      -1.593478Ha       -43.3608eV
   n=3  L=2  occ= 0.00 e=      -2.722222Ha       -74.0755eV  eliminated
   n=3  L=2  occ= 0.00 e=      -1.388886Ha       -37.7935eV  eliminated”
那么，自由原子的两个原子轨道好像是第二组价电子原子轨道出现两次吗。一个轨道怎么会出现两次，且有不同的本证能量？

DNP (Double Numeric with Polarization)  增加了极化函数的双数值基组（极化函数：函数中存在高于自由原子中的最高占据轨道角动量的角动量）；这里极化函数，我不太明白。假如某原子最高占据轨道为1s，那么极化函数为2p,还是1p？某原子最高占据轨道为2s，那么极化函数为2p，还是3p？某原子最高占据轨道为2p，那么极化函数为2d，还是3d？某原子最高占据轨道为3d，那么极化函数为多少？最高占据轨道4f,极化函数是多少？

DND Double Numerical plus d-functions。除了对氢原子不使用 p轨道函数外，与 DNP基组相同？；又或者，DNP基组是在DND基组上在所有氢原子上附加了极化p函数。DND是对所有非氢原子加了d函数，那么，DNP中所有非氢原子的极化函数都是(主量子数+1)的d轨道吗？


[ Last edited by Yolanda7 on 2012-4-28 at 09:41 ]
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1楼 2012-04-28 09:27:47
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liushilei1111

木虫 (著名写手)
不要鄙视，我是送祝福
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3楼2012-04-28 09:58:16
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Yolanda7

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★ ★
fzx2008: 金币+3, 谢谢交流分享 2012-04-28 10:00:20
看了下扬州大学MS售后培训，对基组稍微理解：
• Min：一个占位原子轨道只使用一个数值轨道基组。速度更快，精度最低。
• DN：双数值轨道基组。在Min基组的基础上加入了第二组价电子原子轨道。   
• DND：双数值轨道基组+d轨道极化函数。与DN基组类似，但是为所有非氢原子加入了d轨道函数极化。为DMol3模块默认基组，在可接受的计算时内，确保精度在可接受的范围内。也是DMol3计算的最低可信精度基组。
• DNP：双数值轨道基组+p轨道极化函数。与DND基组类似，但是为所有氢原子加入了p轨道函数极化。 精度更高，计算时间更长。对于氢键计算更为重要。
• TNP：三数值轨道基组+轨道极化函数。 与DNP基组类似，为所有原子加入极化函数。目前只能够使用与H到Cl的元素，且不包括He和Ne。 精度更高，计算时间更长。
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2楼2012-04-28 09:42:04
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Yolanda7

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liushilei1111 at 2012-04-28 09:58:16:
不要鄙视，我是送祝福

谢谢啦~
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4楼2012-04-28 10:56:30
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Yolanda7

捐助贵宾 (正式写手)
但是，我后面的问题还是不很理解。有咩有高手啊？
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5楼2012-04-29 08:29:43
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