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weining1203

新虫 (小有名气)

[求助] 提取的rna浓度只有60ng/ul,影响逆转录吗,请好心虫友指点

问题如标题,请好心的虫友指点一下。
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holyala

木虫 (著名写手)

砖家

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-04-27 13:56:06
weining1203: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢您的指点 2012-04-29 08:16:52
引用回帖:
4楼: Originally posted by weining1203 at 2012-04-27 10:25:44:
谢谢您的回复,您说地100ng是总rna的量还是mRNA的量啊,逆转录试剂盒要求mRNA的量为50-500ng,我最多加总rna20ul,算起来一共1200ng,但mrna一般只占总rna的1%左右吧,才12ng,是不是太少了。。。

这个我觉得要看你的实验目的是什么,如果只是做个反转录,再PCR扩某个特定基因出来,这是完全够了的。如果要做全转录组测序或者表达量分析,那肯定不够。举个例子吧,我做细菌全转录组测序,也只需要5~10ug总RNA。
5楼2012-04-27 13:16:14
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holyala

木虫 (著名写手)

砖家

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-04-27 13:55:08
60ng/uL,你应该不止1uL吧?通常逆转录只需要~100ng就很够了,所以你RNA的浓度没问题。关键是RNA完整性如何,是否有基因组DNA污染,这才是影响逆转录及后续实验的关键。
2楼2012-04-27 10:03:33
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孙启亮

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 应助指数+1, 专家考核, 辛苦 2012-04-27 13:55:47
西瓜: 金币+3, MolEPI+1, 专家考核, Good!还是要努力提高一下RNA浓度。 2012-04-29 09:23:15
影响,因为你提的RNA无论是否是使用试剂盒,里面都会有有机溶剂什么的,这些有机溶剂都可能是逆转录的抑制剂,你这么低的浓度是不能用于逆转录的。
楼主逆转录之后要PCR吧,试剂盒上可能会说浓度像你这么低就可以用。但他们想表达的不是这个意思,PCR是很敏感的,这么低的浓度确实能检测出来,但前提是在没有抑制剂的情况下。他们所说的RNA浓度,是指提取之后浓度很高然后稀释到100ng,你这个原始浓度都没有达到很高,体系里面存在的逆转录试剂是PCR的抑制剂,所以是不能用的。
国内有很多人做胚胎干细胞,他们的细胞个数只有32,用专用的试剂盒提取到的RNA浓度虽然很低,但是他们的RNA就可以用于PCR,如果你的是普通的细胞,这么低的浓度是不能使用的。
3楼2012-04-27 10:12:28
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weining1203

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by holyala at 2012-04-27 10:03:33:
60ng/uL,你应该不止1uL吧?通常逆转录只需要~100ng就很够了,所以你RNA的浓度没问题。关键是RNA完整性如何,是否有基因组DNA污染,这才是影响逆转录及后续实验的关键。

谢谢您的回复,您说地100ng是总rna的量还是mRNA的量啊,逆转录试剂盒要求mRNA的量为50-500ng,我最多加总rna20ul,算起来一共1200ng,但mrna一般只占总rna的1%左右吧,才12ng,是不是太少了。。。
4楼2012-04-27 10:25:44
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