24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
查看: 4885  |  回复: 19

point_light

铁虫 (小有名气)

[求助] VASP计算出错,请高手指点

我计算的是GaAs掺Mn的超胞静态计算,然后就出了这个问题,不知道怎么搞,我是新手,请高手指点,谢谢

=====================================================================================
=   BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
=   EXIT CODE: 9
=   CLEANING UP REMAINING PROCESSES
=   YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES
=====================================================================================
APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Killed (signal 9)
[dong@node04 7]$ Write failed: Broken pipe
回复此楼

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

point_light

铁虫 (小有名气)

非常感谢你
2楼2012-05-08 09:39:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxf_dxf_dxf

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
御剑江湖: 金币+3, 谢谢~~~ 2012-05-08 19:49:05
请给出更多的参考信息:
1 stdout信息(标准输出)
2 stderr信息(标准错误输出)
3 OUTCAR最后8~10行
4 pbs/bash脚本,或者执行vasp所用的命令(类似于
CODE:
mpirun -np 8 ./vasp

这样的命令)
3楼2012-05-08 17:36:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hn19870519

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
御剑江湖: 金币+1, 谢谢~~~ 2012-05-08 19:49:11
这个好像不是vasp的问题。倒好像是系统的问题。
4楼2012-05-08 17:39:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxf_dxf_dxf

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


御剑江湖: 金币+1, 谢谢~~~ 2012-05-08 19:49:21
引用回帖:
Write failed: Broken pipe

可能是因为你对执行vasp的那个目录没有写权限,也有可能是你的管道命令“|”有错误.
请给出
CODE:
ll .

以及
CODE:
ll ..

的结果
5楼2012-05-08 17:39:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

condensed

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-05-09 08:42:35
贺仪: 金币+1, 谢谢指教! 2012-05-09 09:44:22
point_light: 金币+1, ★★★很有帮助, the reason is that the supercell is too large and the precision is too high 2012-05-12 16:51:13
I think the supercell is too large for the MEM of your machine.  You know that the symmetry is very low for the doped structure.
Please show how many atoms in your supercell, KPOINTS and the basic information of your machine.
6楼2012-05-09 06:40:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

point_light

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by condensed at 2012-05-09 06:40:00:
I think the supercell is too large for the MEM of your machine.  You know that the symmetry is very low for the doped structure.
Please show how many atoms in your supercell, KPOINTS and the basi ...

首先感谢大家的关注。
我的POSCAR是:
Ga(0.963)Mn(0.037)As  
1.0   
-8.480250000000000      -0.000000000000002      -8.480249999999996
-8.480250000000003       8.480249999999995       0.000000000000007
-0.000000000000006       8.480250000000002      -8.480249999999995
1 26 27
D
-0.7500000000000000   0.2500000000000000   0.2500000000000000
-0.4166666666666667  -0.0833333333333334   0.2500000000000002
-0.0833333333333335  -0.4166666666666667   0.2500000000000001
  0.2500000000000002   0.2500000000000001  -0.4166666666666668
  0.2500000000000001   0.2500000000000001  -0.0833333333333335
  0.2500000000000001  -0.4166666666666667  -0.0833333333333335
  0.2500000000000001  -0.0833333333333334  -0.4166666666666667
-0.4166666666666667   0.2500000000000001   0.2500000000000001
-0.0833333333333334   0.2500000000000000   0.2500000000000001
-0.0833333333333335   0.2500000000000001  -0.4166666666666667
-0.4166666666666667   0.2500000000000001  -0.0833333333333335
  0.2500000000000001  -0.4166666666666667   0.2500000000000002
  0.2500000000000001  -0.0833333333333334   0.2500000000000001
-1.4166666666666667   0.5833333333333329   0.2500000000000002
  0.5833333333333328  -1.4166666666666667   0.5833333333333337
  0.2500000000000003   0.5833333333333338  -1.4166666666666670
  0.5833333333333336   0.2500000000000002   0.5833333333333329
-1.0833333333333335  -0.0833333333333333   0.2500000000000001
-0.0833333333333335  -1.0833333333333335   0.9166666666666670
  0.2500000000000001   0.9166666666666669  -1.0833333333333335
  0.9166666666666669   0.2500000000000000  -0.0833333333333334
-1.0833333333333335  -0.0833333333333338   0.5833333333333338
  0.5833333333333338   0.5833333333333336  -1.0833333333333337
  0.5833333333333337  -1.0833333333333335  -0.0833333333333338
-1.0833333333333335   0.5833333333333337   0.5833333333333336
-0.0833333333333338   0.5833333333333338  -1.0833333333333337
  0.5833333333333335  -1.0833333333333335   0.5833333333333338
-0.1666666666666668  -0.1666666666666667   0.1666666666666668
  0.1666666666666668   0.1666666666666668  -0.1666666666666668
  0.1666666666666668  -0.1666666666666668  -0.1666666666666668
-0.1666666666666668   0.1666666666666668   0.1666666666666667
-0.1666666666666667   0.1666666666666668  -0.1666666666666668
  0.1666666666666668  -0.1666666666666668   0.1666666666666668
-0.4999999999999999   0.1666666666666667   0.1666666666666667
  0.1666666666666666  -0.4999999999999999   0.1666666666666667
  0.1666666666666667   0.1666666666666666  -0.5000000000000000
  0.1666666666666666   0.1666666666666667   0.1666666666666666
-0.4999999999999999  -0.1666666666666669   0.1666666666666668
-0.1666666666666669  -0.5000000000000000   0.5000000000000001
  0.1666666666666669   0.5000000000000001  -0.5000000000000000
  0.5000000000000000   0.1666666666666668  -0.1666666666666669
  0.1666666666666668  -0.4999999999999999  -0.1666666666666668
  0.5000000000000000  -0.1666666666666669  -0.4999999999999999
-0.4999999999999999   0.1666666666666668   0.5000000000000001
-0.1666666666666669   0.5000000000000000   0.1666666666666668
-0.1666666666666669   0.1666666666666669  -0.4999999999999999
-0.4999999999999999   0.5000000000000000  -0.1666666666666669
  0.5000000000000000  -0.4999999999999999   0.1666666666666668
  0.1666666666666668  -0.1666666666666669   0.5000000000000000
-1.1666666666666667  -0.1666666666666667   0.5000000000000004
-0.1666666666666669  -1.1666666666666667   0.8333333333333333
  0.5000000000000004   0.8333333333333333  -1.1666666666666670
  0.8333333333333333   0.5000000000000002  -0.1666666666666668
-1.5000000000000000   0.5000000000000000   0.5000000000000001
我的INCAR是:
SYSTEM =ureaf

# Startparameter for this Run:
#   NWRITE =      2;   LPETIM=F    write-flag & timer
  
    ISTART =      1    job   : 0-new  1-cont  2-samecut
    ISPIN  =      2    spin polarized calculation?
#   ttISPIN  =      1    spin polarized calculation?
#  MAGMOM = 5 -5 46*0
#    NPAR   =   1
#   LAECHG = .TRUE.
    RWIGS  = 1.7199  1.8226   1.5756  
    LPLANE =   .TRUE.
#   LSCALU =   .FALSE.
#   SAXIS  =   0 0 1
    NBANDS = 200
#   LORBMOM = .TRUE.
#   LSORBIT  = .TRUE.
    ICHARG = 11  
#   LNONCOLLINEAR = .TRUE.
#   NSIM   =    4
#   LWAVE  = .FALSE.
    LORBIT  =11
    PREC=Accurate
# Electronic Relaxation 1
    ENCUT = 500 eV
    IALGO = 48
    LREAL = .TRUE.
#   NELMIN = 2
#   BMIX  =  2.0
    NELM   = 1;
#   NELMDL = 5
    EDIFF  =1E-05
#   EDIFFG= -1E-2

#   Ionic Relaxation
#   ISYM = 2
#   NSW    =  300    number of steps for IOM
#   NBLOCK =      1;   KBLOCK = 20    inner block; outer block
#   IBRION =     2    ionic relax: 0-MD 1-quasi-New 2-CG
#   ISIF   =     2    stress and relaxation
#   SMASS  = 2.0
#   POTIM = 1.00
#   TEBEG  573

#   ttIBRION =      2    ionic relax: 0-MD 1-quasi-New 2-CG
#   ttISIF   =      7    stress and relaxation

#   ttISYM   =      1
#   IWAVPR =      1    prediction:  0-non 1-charg 2-wave 3-comb
#   LCORR  =      T    Harris-correction to forces
#   POTIM  =   0.2    time-step for ion-motion
#   TEBEG  = 0.0 ;   TEEND= 0.0 initial temperature


# DOS related values:
    ISMEAR = 0 ;
    SIGMA  = 0.2 : broadening in eV -4-tet -1-fermi 0-gaus
我的kpoints是用的面心立方结构,但是MS中显示的是三斜,我又没有三斜的KPOINTS文件,所以没有试。下面是面心立方结构的KPOINTS:
K-pints fcc  G-X-W-L-G-K-X
100  ! intersections
Line-mode
rec
  0.00  0.00  0.00  !gamma
  0.50  0.00  0.50  !X

  0.50  0.00  0.50  !X
  0.50  0.25  0.75  !W

  0.50  0.25  0.75  !W
  0.50  0.50  0.50  !L

  0.50  0.50  0.50  !L
  0.00  0.00  0.00  !gamma

  0.00  0.00  0.00  !gamma  
  0.75  0.375  0.375 !K

  0.75  0.375  0.375 !K
  0.50  0.00  0.50  !X
以前提的问题好像是服务器问题,老师帮我解决了,现在算的时候(用4个或8个CPU)总是出现内存不足,我用12个CPU算又出了其他问题,我想这肯定不是内存不足的原因,估计是哪里设置不对,INCAR或KPOINTS的问题,我是刚开始学这些,希望大家帮我看看。
7楼2012-05-09 15:40:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

point_light

铁虫 (小有名气)

首先感谢大家的关注。
我的POSCAR是:
Ga(0.963)Mn(0.037)As  
1.0   
-8.480250000000000      -0.000000000000002      -8.480249999999996
-8.480250000000003       8.480249999999995       0.000000000000007
-0.000000000000006       8.480250000000002      -8.480249999999995
1 26 27
D
-0.7500000000000000   0.2500000000000000   0.2500000000000000
-0.4166666666666667  -0.0833333333333334   0.2500000000000002
-0.0833333333333335  -0.4166666666666667   0.2500000000000001
  0.2500000000000002   0.2500000000000001  -0.4166666666666668
  0.2500000000000001   0.2500000000000001  -0.0833333333333335
  0.2500000000000001  -0.4166666666666667  -0.0833333333333335
  0.2500000000000001  -0.0833333333333334  -0.4166666666666667
-0.4166666666666667   0.2500000000000001   0.2500000000000001
-0.0833333333333334   0.2500000000000000   0.2500000000000001
-0.0833333333333335   0.2500000000000001  -0.4166666666666667
-0.4166666666666667   0.2500000000000001  -0.0833333333333335
  0.2500000000000001  -0.4166666666666667   0.2500000000000002
  0.2500000000000001  -0.0833333333333334   0.2500000000000001
-1.4166666666666667   0.5833333333333329   0.2500000000000002
  0.5833333333333328  -1.4166666666666667   0.5833333333333337
  0.2500000000000003   0.5833333333333338  -1.4166666666666670
  0.5833333333333336   0.2500000000000002   0.5833333333333329
-1.0833333333333335  -0.0833333333333333   0.2500000000000001
-0.0833333333333335  -1.0833333333333335   0.9166666666666670
  0.2500000000000001   0.9166666666666669  -1.0833333333333335
  0.9166666666666669   0.2500000000000000  -0.0833333333333334
-1.0833333333333335  -0.0833333333333338   0.5833333333333338
  0.5833333333333338   0.5833333333333336  -1.0833333333333337
  0.5833333333333337  -1.0833333333333335  -0.0833333333333338
-1.0833333333333335   0.5833333333333337   0.5833333333333336
-0.0833333333333338   0.5833333333333338  -1.0833333333333337
  0.5833333333333335  -1.0833333333333335   0.5833333333333338
-0.1666666666666668  -0.1666666666666667   0.1666666666666668
  0.1666666666666668   0.1666666666666668  -0.1666666666666668
  0.1666666666666668  -0.1666666666666668  -0.1666666666666668
-0.1666666666666668   0.1666666666666668   0.1666666666666667
-0.1666666666666667   0.1666666666666668  -0.1666666666666668
  0.1666666666666668  -0.1666666666666668   0.1666666666666668
-0.4999999999999999   0.1666666666666667   0.1666666666666667
  0.1666666666666666  -0.4999999999999999   0.1666666666666667
  0.1666666666666667   0.1666666666666666  -0.5000000000000000
  0.1666666666666666   0.1666666666666667   0.1666666666666666
-0.4999999999999999  -0.1666666666666669   0.1666666666666668
-0.1666666666666669  -0.5000000000000000   0.5000000000000001
  0.1666666666666669   0.5000000000000001  -0.5000000000000000
  0.5000000000000000   0.1666666666666668  -0.1666666666666669
  0.1666666666666668  -0.4999999999999999  -0.1666666666666668
  0.5000000000000000  -0.1666666666666669  -0.4999999999999999
-0.4999999999999999   0.1666666666666668   0.5000000000000001
-0.1666666666666669   0.5000000000000000   0.1666666666666668
-0.1666666666666669   0.1666666666666669  -0.4999999999999999
-0.4999999999999999   0.5000000000000000  -0.1666666666666669
  0.5000000000000000  -0.4999999999999999   0.1666666666666668
  0.1666666666666668  -0.1666666666666669   0.5000000000000000
-1.1666666666666667  -0.1666666666666667   0.5000000000000004
-0.1666666666666669  -1.1666666666666667   0.8333333333333333
  0.5000000000000004   0.8333333333333333  -1.1666666666666670
  0.8333333333333333   0.5000000000000002  -0.1666666666666668
-1.5000000000000000   0.5000000000000000   0.5000000000000001
我的INCAR是:
SYSTEM =ureaf

# Startparameter for this Run:
#   NWRITE =      2;   LPETIM=F    write-flag & timer
  
    ISTART =      1    job   : 0-new  1-cont  2-samecut
    ISPIN  =      2    spin polarized calculation?
#   ttISPIN  =      1    spin polarized calculation?
#  MAGMOM = 5 -5 46*0
#    NPAR   =   1
#   LAECHG = .TRUE.
    RWIGS  = 1.7199  1.8226   1.5756  
    LPLANE =   .TRUE.
#   LSCALU =   .FALSE.
#   SAXIS  =   0 0 1
    NBANDS = 200
#   LORBMOM = .TRUE.
#   LSORBIT  = .TRUE.
    ICHARG = 11  
#   LNONCOLLINEAR = .TRUE.
#   NSIM   =    4
#   LWAVE  = .FALSE.
    LORBIT  =11
    PREC=Accurate
# Electronic Relaxation 1
    ENCUT = 500 eV
    IALGO = 48
    LREAL = .TRUE.
#   NELMIN = 2
#   BMIX  =  2.0
    NELM   = 1;
#   NELMDL = 5
    EDIFF  =1E-05
#   EDIFFG= -1E-2

#   Ionic Relaxation
#   ISYM = 2
#   NSW    =  300    number of steps for IOM
#   NBLOCK =      1;   KBLOCK = 20    inner block; outer block
#   IBRION =     2    ionic relax: 0-MD 1-quasi-New 2-CG
#   ISIF   =     2    stress and relaxation
#   SMASS  = 2.0
#   POTIM = 1.00
#   TEBEG  573

#   ttIBRION =      2    ionic relax: 0-MD 1-quasi-New 2-CG
#   ttISIF   =      7    stress and relaxation

#   ttISYM   =      1
#   IWAVPR =      1    prediction:  0-non 1-charg 2-wave 3-comb
#   LCORR  =      T    Harris-correction to forces
#   POTIM  =   0.2    time-step for ion-motion
#   TEBEG  = 0.0 ;   TEEND= 0.0 initial temperature


# DOS related values:
    ISMEAR = 0 ;
    SIGMA  = 0.2 : broadening in eV -4-tet -1-fermi 0-gaus
我的kpoints是用的面心立方结构,但是MS中显示的是三斜,我又没有三斜的KPOINTS文件,所以没有试。下面是面心立方结构的KPOINTS:
K-pints fcc  G-X-W-L-G-K-X
100  ! intersections
Line-mode
rec
  0.00  0.00  0.00  !gamma
  0.50  0.00  0.50  !X

  0.50  0.00  0.50  !X
  0.50  0.25  0.75  !W

  0.50  0.25  0.75  !W
  0.50  0.50  0.50  !L

  0.50  0.50  0.50  !L
  0.00  0.00  0.00  !gamma

  0.00  0.00  0.00  !gamma  
  0.75  0.375  0.375 !K

  0.75  0.375  0.375 !K
  0.50  0.00  0.50  !X
以前提的问题好像是服务器问题,老师帮我解决了,现在算的时候(用4个或8个CPU)总是出现内存不足,我用12个CPU算又出了其他问题,我想这肯定不是内存不足的原因,估计是哪里设置不对,INCAR或KPOINTS的问题,我是刚开始学这些,希望大家帮我看看。
8楼2012-05-09 15:40:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

point_light

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by dxf_dxf_dxf at 2012-05-08 17:36:24:
请给出更多的参考信息:
1 stdout信息(标准输出)
2 stderr信息(标准错误输出)
3 OUTCAR最后8~10行
4 pbs/bash脚本,或者执行vasp所用的命令(类似于
mpirun -np 8 ./vasp
这样的命令)

我是刚接触这些,你说的我看不懂,就给你OUTCAR最后几行,帮我看看吧,谢谢了
我算了2个结构,得到2个OUTCAR,但都没算成功,第一步算完就结束了,最后几行如下:
1.maximum and minimum number of plane-waves per node :     31026    30857

maximum number of plane-waves:     31026
maximum index in each direction:
   IXMAX=   21   IYMAX=   21   IZMAX=   21
   IXMIN=  -22   IYMIN=  -22   IZMIN=  -22

NGX is ok and might be reduce to  88
NGY is ok and might be reduce to  88
NGZ is ok and might be reduce to  88

serial   3D FFT for wavefunctions
parallel 3D FFT for charge:
    minimum data exchange during FFTs selected (reduces bandwidth)

                                                              4226,0-1     底端


2.这个最后只有这些:
k-point ** :  0.56280.09420.4686  plane waves:   30978
k-point ** :  0.56160.09230.4692  plane waves:   30972
k-point ** :  0.56030.09050.4698  plane waves:   30976
k-point ** :  0.55900.08860.4705  plane waves:   30980
k-point ** :  0.55780.08670.4711  plane waves:   30978
k-point ** :  0.55650.0848
9楼2012-05-09 15:47:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

point_light

铁虫 (小有名气)

我是按照老师说的,先静态计算,然后算能带,同样的方法,我算没掺杂的GaAs的能带成功了,只是带隙非常小在0.3左右,现在也不知道为什么。掺杂后的超胞却没计算成功,二者我是用的同一个KPOINTS,面心立方的。
10楼2012-05-09 15:51:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 爱玩辅助的亚瑟 的主题更新
信息提示
请填处理意见