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thestormcong

银虫 (小有名气)

[求助] red基因敲除

大家好,最近做red基因敲除,遇到困难,特地请求高人指点。
      我将带有同源臂的打靶片段电转化入宿主细胞中,筛选转化子(我用的是卡纳抗性)。对转化子进行菌落pcr,菌落pcr的引物设计在待敲除基因的上下游。我挑了6个转化子,也做了阳性对照(原始株)。结果是有一个有条带,大小跟野生株的一样。另外5个都没有条带。我很纳闷!理论上来说的话应该都能扩增出条带,只是大小不同,可是为什么我有5个都没有能够扩增出条带呢?
      自己也分析了一下原因。
     1:有可能是其他带有卡纳抗性的菌株的污染。可是我对这些菌株的别的基因进
行过菌落pcr(实验室有做该细菌别的基因),都是有条带的,表明这些还是我的菌株。
    2:会不会是里面的同源交换出错了呢?但是细菌还是有卡纳抗性的。也对这个细菌提过质粒,没有发现质粒条带。
   3:菌落pcr的问题吗?可是每一次的阳性对照都很正常啊。
综上所述,希望得到有经验的虫友的帮助,万分感谢!!!!!!!!
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thestormcong

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 小兔子乖乖1 at 2012-04-26 14:44:26:
你的引物应该设计在kan抗性上和同源臂外的基因上。这样敲除掉了一定能p出来,没敲掉的就p不出来

恩,是个好方法。可是如果同源重组正常的话,从基因的上下游pcr,应该也能把整段序列给扩增出来的吧。
9楼2012-04-26 15:09:32
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查看全部 18 个回答

张宏宇123

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-04-26 16:03:03
你的对照菌株确定是没有卡纳抗性的吗?
同源交换错误也肯定有完整基因的片段,不能扩增不出来啊?
你确定一下看看你的打靶片段是不是正确,测序是否正确。
未来不是梦
2楼2012-04-25 22:45:27
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thestormcong

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 张宏宇123 at 2012-04-25 22:45:27:
你的对照菌株确定是没有卡纳抗性的吗?
同源交换错误也肯定有完整基因的片段,不能扩增不出来啊?
你确定一下看看你的打靶片段是不是正确,测序是否正确。

恩,谢谢你的意见。我的原始株是没有卡纳抗性的,这个是肯定的。我的打靶片断也是用保真性高的酶跑的,应该不会错吧,测序是没有测过的。
3楼2012-04-25 23:18:54
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fwks3518

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-04-27 13:39:39
煮菌时间要足够长,你最好用野生型菌株一起煮,做个阳性对照。这样才好解释。
4楼2012-04-26 08:44:38
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