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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 大片段PCR(2.1K)扩增求助
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dfhfzyl

铁虫 (小有名气)

[求助] 大片段PCR(2.1K)扩增求助

我要扩增一个片段为2100bp的cDNA
我的目的基因是来自柑橘的基因,柑橘基因组已经发布了. 设计引物时,直接选基因cds全长的头尾14-22bp, 正反引物的GC比例尽量保持一致了.
我的扩增条件是:
模板2ul (模板浓度约为500ng)
正反引物为0.2ul
buffer 2ul
dNTP 2ul
Mgcl2 1.2ul
Taq酶 0.2 (我师兄建议我在真正扩增时需选择高保真酶如pfu)
ddH2O2调到20ul体系
PCR条件
94度4min
94度30秒
55度30秒
72度2:10分
30个循环
72度10分
4度半小时
按照以上的程序,我对6个目的基因(大小在都在2kB左右)扩增了好几次都没有明显的带出来或者带很弱,而有一个基因出现了三条非常弱的带? 求助高手!!!
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1楼 2012-04-25 10:09:45
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Neo2000

木虫 (著名写手)
不是我想吐你的槽，2k就不要拿来说事啦，引物设计好了，随便一个mix就拿下了。

[ 发自小木虫客户端 ]
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13楼2014-07-08 12:33:52
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to-be

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-04-25 13:56:50
1949stone: MolEPI+1 2012-05-03 07:27:34
1.这么大的cDNA确实不好扩，楼主首先要保证模板的质量，这是先决条件。
2.如果模板没问题可以考虑两步法扩增尝试，对扩大片段也许会好些。
3.实在拿不到全长就分开扩，一段一段的再连接起来。
4.比较下基因组和cDNA，没有内含子的地方就直接用基因组当模板好了。
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生活是面镜子~
2楼2012-04-25 13:20:37
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喧嚣的尘埃

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜: 金币+2, 鼓励新虫积极参与！ 2012-04-26 21:48:42
确保模板质量和纯度，我个人觉得你的引物添加量可以适当的提高一点。比如0.5微升。
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相信自己所相信的
3楼2012-04-26 17:22:10
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ixido

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-26 21:48:55
前几个人说的都很重要，就不在赘述了。
建议楼主换好一点的酶，如pfu。然后把延伸时间加长，同时把复性温度进行优化。此外，楼主需要看一看设计的引物是不是和模版其他位置有重叠。
还有，国内的聚合酶质量没有想象中的那么好，适当的多加一点没事的，摸摸条件，摸好了做个大的就行了。
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4楼2012-04-26 18:27:19
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