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dfhfzyl

铁虫 (小有名气)

[求助] 大片段PCR(2.1K)扩增求助

我要扩增一个片段为2100bp的cDNA
我的目的基因是来自柑橘的基因,柑橘基因组已经发布了. 设计引物时,直接选基因cds全长的头尾14-22bp, 正反引物的GC比例尽量保持一致了.
我的扩增条件是:
模板2ul (模板浓度约为500ng)
正反引物为0.2ul
buffer 2ul
dNTP 2ul
Mgcl2 1.2ul
Taq酶 0.2 (我师兄建议我在真正扩增时需选择高保真酶如pfu)
ddH2O2调到20ul体系
PCR条件
94度4min
94度30秒
55度30秒
72度2:10分
30个循环
72度10分
4度半小时
按照以上的程序,我对6个目的基因(大小在都在2kB左右)扩增了好几次都没有明显的带出来或者带很弱,而有一个基因出现了三条非常弱的带? 求助高手!!!
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vir2008

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
1949stone: 金币+2, 支持下 有时候也要看选择的区域 2012-05-03 07:28:57
引用回帖:
9楼: Originally posted by dfhfzyl at 2012-05-02 20:25:03:
很奇怪,我用普通TAQ能够扩增出很不错的带,但是用pfu,ex-taq或者前二者与taq酶混合都扩不出来. 大家有没有碰到这种问题呢?

保真度高的酶要校正,效率低,所以产物自然就少了。混合的酶,所需的体系各不相同,也可能彼此影响效果。
2kb左右的话,还是建议考虑PrimeStar之类的酶。没必要再用普通Taq尝试,因为这样扩出的产物也未必能用。GC含量太高的话,可以用GC buffer,不过保真度会下降。
10楼2012-05-02 23:42:33
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