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weining1203

新虫 (小有名气)

[求助] rt-pcr电泳图,求好心虫友帮助分析一下,跪谢。。。

这是今天跑得rt-pcr图,最两边的的是DL2000marker,2-9号点样孔为温度梯度(45-60度),由于提的rna有dna污染,所以消化了一下。。。1号点样孔为没有经过dnase消化的rna,也没有经过反转录,当做对比。。。 目的条带约860bp左右,1号点样孔有明显目的条带,但也有杂带,模板应该是基因组dna,但2-9号几乎没有目的条带,我想问一下是不是反转录又问题啊,由于没有内参,所以不知道是不是反转录有问题。。。 还有植物里有没有通用的内参啊,比如18s,序列为多少啊,我做的油松,找不到内参基因,求大神指点啊。。。

rna



梯度pcr
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weining1203

新虫 (小有名气)

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2楼: Originally posted by 免疫游侠 at 2012-04-23 12:25:12:
分析了一下你的结果,由于你的marker是跑出来了的,1号样本没有经过dnase消化也跑出来了,而2-9号样本是经过dnase消化而没有跑出来,因此可能是你在消化过程中DNA把RNA也给消化掉了,建议做预实验或是重做实验,再 ...

谢谢您的回答 啊。。。不是吧,1号样本没经过逆转录,所以模板应该是基因组dna。。。
3楼2012-04-23 16:59:06
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weining1203

新虫 (小有名气)

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6楼: Originally posted by freerain at 2012-04-24 01:56:58:
消化DNA要买Rnase free的Dnase I,并添加Rnase抑制剂
否则在消化过程中DNA把RNA也给消化掉了

买的是Promega的RQ1 RNase-Free DNase,应该没问题吧
7楼2012-04-24 09:02:20
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weining1203

新虫 (小有名气)

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5楼: Originally posted by zgb1982 at 2012-04-23 22:29:44:
没有内参也确实不好说是不是cDNA的问题哦,是不是你DNA消化的时候没进行失活,把CDNA也消化了.不是说RNA也会扩出条带的吗

已经进行酶的失活了
8楼2012-04-24 09:03:05
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weining1203

新虫 (小有名气)

引用回帖:
12楼: Originally posted by syn1985 at 2012-04-25 13:19:58:
RNA质量没问题反转录都不会有问题的
1)按照你所说你前面不消化DNA的能扩出来,而消化过的反而扩不出来的情况可以认为你的引物是没有问题的;
2)不知道你1-9号孔是不是所有的模板都一样的浓度,如果不一样考虑一 ...

谢谢回复。。。
13楼2012-04-25 14:33:04
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weining1203

新虫 (小有名气)

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10楼: Originally posted by mamadexiao at 2012-04-24 21:02:01:
我是做动物的,不知道植物的,但是,首先,你要确定你的RNA反转的好不好,先做个内参,跑个25-30CYCLE
要是觉得提的RNA不好,可以跑个电泳看看
你加酶消化的时候,处理的东西包括水,都是无RNase的吧?
再说说 ...

首先谢谢您的回复。消化的时候都是试剂盒里的,但里面没有Rnase inhibitor,我也没有单独加。。。
14楼2012-04-25 14:38:39
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