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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 采用PBS脚本第一次提交任务，算了1步就被杀死，有错误提示但不知道原因？
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VASP_2012

新虫 (小有名气)

[求助] 采用PBS脚本第一次提交任务，算了1步就被杀死，有错误提示但不知道原因？

PBS脚本如下：

## Specify the job name
##PBS -S /bin/sh
#PBS -N  new
##PBS -q zhou
## Join the standard error and the standard output into 1 file output
#PBS -j oe
##PBS -m be
#PBS -V
## Set number of nodes and number of processor per node
#PBS -l nodes=2:ppn=2
cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun  -np 4 vasp
rm -rf $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts


错误提示如下：
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
RMM:   1     0.112962560756E+03    0.11296E+03   -0.69848E+03  1512   0.693E+02
mpirun: killing job...
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 32211 on node r1i3n3 exited on signal 0 (Unknown signal 0).
--------------------------------------------------------------------------
mpirun: clean termination accomplished

请问是什么原因造成的？应该如何修改？
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1楼 2012-04-22 06:04:27
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VASP_2012

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by qzhost at 2012-04-23 08:20:49:
不对。。没看后面。。。这是MPI的问题

测试了一下好像注释掉也行

这个问题可能是栈没打开

你在mpirun所在那行的前一行加上 ulimit -s unlimited试试

试过了，好像不是这个原因
赞一下 回复此楼
8楼2012-04-24 16:33:56
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查看全部 20 个回答

tangsw911

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 多谢提示 2012-04-22 09:47:35
看看是不是你的计算任务太大了，内存不够用了
赞一下 回复此楼
2楼2012-04-22 09:28:32
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VASP_2012

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tangsw911 at 2012-04-22 09:28:32:
看看是不是你的计算任务太大了，内存不够用了

不是滴啊。
如果用1个节点1个CPU能计算2步，然后停止。
如果用2个节点2个CPU能计算1步，然后停止。
继续等待高手。。。
赞一下 回复此楼
3楼2012-04-22 16:06:25
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qzhost

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
WDD880227: 金币+1, 感谢帮助~~ 2012-04-23 08:22:09
##PBS -S /bin/sh
只要一个#

这句都被你注释掉了

肯定只算几秒就删临时文件了
赞一下 回复此楼
4楼2012-04-23 07:47:58
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