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320080920001

金虫 (正式写手)

[求助] 平末端连接做不出来克隆

大家好,我最近在做克隆,是把我以前做过的一个基因的点突变后的质粒(pFastbac1-GENE)设计引物(F和R,在R引物上带有PmlI的酶切位点,F和R内侧附近分别有PmlI和KpnI位点,均为单酶切位点),PCR完了后溶液回收Kit回收,浓度大概130ng/ul,70ul elute,之后我用PmlI和KpnI切(此处犯了一个错误,应该只用PmlI切,这样就不用后面切平了),然后跑胶,切胶回收,用的是Qiagen的胶回收试剂盒,浓度大概为30ng/ul,50ul eltue,而且260/230的值不到0.1,很低。然后用Klenow酶(large fragment)切平KpnI的位点,然后溶液回收。我把pEF-GENE用PmlI酶切(在我要替换的片段上下游有两个PmlI酶切位点),跑胶回收vector,浓度是60ng/ul。用CIP酶处理后消除5‘磷酸,防止自连。然后溶液回收。
最后用T4liase把insert和vector连接起来,转化涂板,我试过DH5a和T1,都没有长出来,这个质粒要的很急,最近我也快做完毕业设计回去答辩了,由于最后这个实验不顺利,我都不知道老板会不会要我,虽然我很想留在她的实验室。最近给自己的压力好大啊!
P.S.求技术指导,关心酱油之类的回帖不回勿怪哈!我后面有用pEF-GENE为模板做点突变PCR,但是由于片段是9KB左右,很难P出来。还在平行做PCR后用PmlI单酶切,这样就不用连接了,还在想要不要再设计一下引物,就在紧挨片段上下游,再做PCR,这样酶切后就不用胶回收,直接溶液回收了。
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lliu

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
320080920001: 金币+2, 有帮助, 谢谢,但是我的PCR产物是需要PmlI酶切的 用高浓度T4 ligase 是指怎样的反应体系呢?好像做不了蓝白筛选吧 2012-04-22 12:23:12
silicare: 金币+5, BioEPI+1, 有道理的 2012-04-24 10:13:07
1,不要对载体去磷酸化。
2,直接连PCR产物(胶纯化后)。
3,用高浓度T4 ligase.
4, 用蓝白筛选。
4楼2012-04-22 03:50:41
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320080920001

金虫 (正式写手)

求助啊
2楼2012-04-21 10:48:26
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320080920001

金虫 (正式写手)

为何没人应助呢?是金币太少了吗?
3楼2012-04-21 16:37:02
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cheng_xiao

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
320080920001: 金币+2, 有帮助, 是的 但是我这些步骤都很必须啊 不知道应该怎样简化呢? 2012-04-22 12:24:32
我觉得你好是不要切胶,回收之类的,你的操作步骤越多,损失的越多,虽然你都测了浓度,但不保准啊,希望你试验顺利啊
我努力我奋斗我成功
5楼2012-04-22 11:02:06
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