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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 结构优化的结果竟然重复不出来，每次优化后的结构都不一样，求高手解答……
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ytduh

金虫 (正式写手)

[求助] 结构优化的结果竟然重复不出来，每次优化后的结构都不一样，求高手解答……

先后使用forcite和DMOL3模块对一个含有长侧链的聚合物进行优化，每次运行结果中的分子结构直接就能看出侧链与主链平面的角度有很大差别……每次优化的参数都是一样的，求高手指点……
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1楼 2012-04-20 08:40:34
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安德

铁杆木虫 (著名写手)

** *_** ___ ***_ * _*

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 鼓励交流 2012-04-20 11:26:15
每次的初始构型是相同的吗？
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That'sit! Justdoit!
2楼2012-04-20 08:55:46
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ytduh

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 安德 at 2012-04-20 08:55:46:
每次的初始构型是相同的吗？

是啊，就是先画出聚合物结构，添加上氢原子之后，点击clean使结构合理，然后依次进行forcite和DMOL3优化
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3楼2012-04-20 09:05:35
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安德

铁杆木虫 (著名写手)

** *_** ___ ***_ * _*

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-04-20 11:26:02
这二者优化的原理可是不一样的啊，前者是基于分子力学，后者是量子力学，不一样很正常，常理来讲后者的更精确。
不知道你为什么会先后分别用Forcite和DMol来优化，这样的目的何在？
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That'sit! Justdoit!
4楼2012-04-20 10:44:31
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xiuhui

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ytduh: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-04-21 10:03:57
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-23 14:47:30
这二者优化的原理不一样，前者是基于分子力学，是宏观概念，后者是量子力学，是基于电荷，轨道等微观方面来优化的，后者更为准确，但前提是初始构型建的合理。我一般都是在Gassian里面优化好再导入MS。
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5楼2012-04-20 17:37:37
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caijj09

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-04-23 11:26:29
不同模块的优化方法不一样，得到的结果当然不一样了。建议使用统一模块进行处理
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自强不息
6楼2012-04-23 10:29:45
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wwb168

银虫 (小有名气)
很正常
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7楼2012-05-04 10:32:11
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xiaoyue1610

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xiuhui at 2012-04-20 17:37:37
这二者优化的原理不一样，前者是基于分子力学，是宏观概念，后者是量子力学，是基于电荷，轨道等微观方面来优化的，后者更为准确，但前提是初始构型建的合理。我一般都是在Gassian里面优化好再导入MS。

是如何导入的？
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8楼2012-07-09 17:16:53
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xiuhui

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by xiaoyue1610 at 2012-07-09 17:16:53
是如何导入的？...

高斯里面的输出构型存为mol格式就可以导入了，因为MS是可以读取mol的
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9楼2012-07-09 19:37:45
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xiaoyue1610

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by xiuhui at 2012-07-09 19:37:45
高斯里面的输出构型存为mol格式就可以导入了，因为MS是可以读取mol的...

谢谢了哈！
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10楼2012-07-10 10:05:27
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