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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS模拟体系中水分子数目应该怎样设置？
汕头大学海洋科学接受调剂
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)

[交流] MS模拟体系中水分子数目应该怎样设置？

大家好！在分子动力学模拟中，添加水分子的数目，一定要根据体系密度来加吗（如果按照设计密度来加的话，水分子数目太多了）?还是水分子的个数可以随便设置？
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1楼 2012-04-13 16:53:58
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caijj09

木虫 (职业作家)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-04-13 19:23:37
如果不是发文章，只是练练手，那你都可以试试，如果想发文章，还是按模拟温度下水的密度进行添加，一般在进行计算时，都需要采用超算  （也称并行计算）。
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wangyiyongwz
2楼2012-04-13 17:38:36
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luxujie3

金虫 (著名写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-04-14 08:15:35
通过你所模拟的温度下得密度和你所造盒子的大小来手算出分子的个数啊
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3楼2012-04-14 07:48:06
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by caijj09 at 2012-04-13 17:38:36:
如果不是发文章，只是练练手，那你都可以试试，如果想发文章，还是按模拟温度下水的密度进行添加，一般在进行计算时，都需要采用超算  （也称并行计算）。

求详解~什么叫“按模拟温度下水的密度进行添加”？是按照溶液的密度添加吗？
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4楼2012-04-16 09:16:05
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by luxujie3 at 2012-04-14 07:48:06:
通过你所模拟的温度下得密度和你所造盒子的大小来手算出分子的个数啊

但是这样的话，我的体系就有一万多个水分子哎~
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5楼2012-04-16 09:17:02
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caijj09

木虫 (职业作家)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+1, 鼓励讨论 2012-04-16 10:05:49
引用回帖:
5楼: Originally posted by wangyiyongwz at 2012-04-16 09:17:02:
但是这样的话，我的体系就有一万多个水分子哎~

你的体系要建那么大么？周期缩小些不可以？
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6楼2012-04-16 09:42:31
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by caijj09 at 2012-04-16 09:42:31:
你的体系要建那么大么？周期缩小些不可以？

缩小周期的话，体系的密度不就变大了吗（和实际的密度就不符合了）!
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7楼2012-04-16 10:44:51
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caijj09

木虫 (职业作家)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-04-16 13:41:46
引用回帖:
7楼: Originally posted by wangyiyongwz at 2012-04-16 10:44:51:
缩小周期的话，体系的密度不就变大了吗（和实际的密度就不符合了）!

体系的密度是可以设定的呀。你在用AC建盒子的时候，需要你填密度的。
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8楼2012-04-16 12:59:22
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by caijj09 at 2012-04-16 12:59:22:
体系的密度是可以设定的呀。你在用AC建盒子的时候，需要你填密度的。

密度我已经设定了，但在溶质分子个数不变的情况下，体系中放10水分子，和放1000个水分子，体系的密度和设定的一致，不会变吗？
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9楼2012-04-16 17:04:10
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caijj09

木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by wangyiyongwz at 2012-04-16 17:04:10:
密度我已经设定了，但在溶质分子个数不变的情况下，体系中放10水分子，和放1000个水分子，体系的密度和设定的一致，不会变吗？

不懂。。。啥叫溶质分子不变？你体系小了，分子自然少了呀
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10楼2012-04-16 23:23:22
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