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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 构建系统发育树时，最后发表使用哪棵树？如何使用结果
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pesthoney

新虫 (初入文坛)

[求助] 构建系统发育树时，最后发表使用哪棵树？如何使用结果

构建系统发育树时，最后发表使用哪棵树？很多文章写了关于如何使用软件，但是没有那篇文章仔细介绍建树后的结果如何使用的问题！
如用paup建mp树会得到一个严格一致树和一个50%majority树，请问最后写在文章里面是哪个树？ML建树时也会得到多个.tre文件，但是最后使用哪一个？
并且很多发表的树是标有MP和bayesian两个支持率的，如果两个构树拓扑结构不一致时请问使用哪个的结果进行标注？
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1楼 2012-04-12 14:14:16
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幸福的粒粒

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pesthoney at 2012-04-13 00:41:10
ML我用RAxML建的，生成了好多TRE文件。有RAxML_besttree.tre，RAxML_bipartition.tre，RAxML_bipartitionsbranchlabels.tre，RAxML_bootstrap.tre等，用哪个？
MP是用严格一致树吗？还是50%majority？...

楼主可不可以教用一下RAxML，弄了好久都不会
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6楼2015-10-09 10:07:10
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励帮助解答，欢迎继续交流。 2012-04-12 17:54:45
发表文章使用的是最能反映您研究问题的的结果。各MP树一般使用的是多数一直树，而ML法构建的不可能有很多树，一般只有一个树文件。Bayes树一般的结果是两棵（基本相似）。
结构相似可以进行多重的标示，结构不一致的时候，要把说明问题的结果分别标上，各自出图。祝好
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将相本无种★男儿当自强
2楼2012-04-12 15:53:08
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pesthoney

新虫 (初入文坛)
1949stone: , 软件没有太大问题　关键是你要的参数　 2012-04-13 07:46:41
引用回帖:
2楼: Originally posted by rommel1941 at 2012-04-12 15:53:08:
发表文章使用的是最能反映您研究问题的的结果。各MP树一般使用的是多数一直树，而ML法构建的不可能有很多树，一般只有一个树文件。Bayes树一般的结果是两棵（基本相似）。
结构相似可以进行多重的标示，结构不一 ...

ML我用RAxML建的，生成了好多TRE文件。有RAxML_besttree.tre，RAxML_bipartition.tre，RAxML_bipartitionsbranchlabels.tre，RAxML_bootstrap.tre等，用哪个？
MP是用严格一致树吗？还是50%majority？
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3楼2012-04-13 00:41:10
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

1949stone: , PhyML　建树麻烦么？ 2012-04-13 07:47:07
ML树我们一般使用PhyML构建，你说的软件我真没用过
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将相本无种★男儿当自强
4楼2012-04-13 00:50:54
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