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weandyouzhy

木虫 (小有名气)

[求助] PCR的引物扩增后会被降解掉吗?

一般的DNA复制完成时,RNA引物会被降解掉。那么在pcr扩增反应中。Taq酶会不会将引物链剪切掉呢?另外,能不能详细的介绍下PCR中所加试剂的量的原因。谢谢了
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bbwalkman

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+5, MolEPI+1, 鼓励帮助解答问题! 2012-04-07 19:03:00
应该是不会的,因为在你跑胶的时候会发现在最顶端还是有引物条带存在的,而且Taq酶均具有5'-3'聚合酶活性,但不一定具有3'-5'和5'-3'的外切酶活性。3'-5'外切酶活性可以消除错配,切平末端;5'-3'外切酶活性可以消除合成障碍。
PCR试剂中的量:
1.首先要看你的体系是多少ul,规划好引物、模板、dNTP、酶和Buffer的量,其余用水补齐。
2.引物一般是要过量的,这样才能保证PCR能够在设定的循环里面跑完,一般浓度是uM。
3.模板一般就是ng级别的就可以了,主要是能保证前期引物可以与其结合。
4.dNTP的话一般都是mM级别的,它的浓度要比较大,保证反应顺利进行。
5.酶的话说明书上一般都会提到,按它的活性和单位来加就可以了。
6.Buffer要根据你的总体积,将储备浓度换算成最终的1X的就可以了。
祝好运!
3楼2012-04-07 14:56:00
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普通回帖

zhaohq1209

铁杆木虫 (著名写手)

这个问题比较麻烦~lz可以找相关的书籍和文献参考一下
我有一个梦想,我梦想有一天,我们的人民可以根据自己的意愿与消费能力,居住在自己愿意居住的地方。
2楼2012-04-07 14:40:48
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imyting

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+5, 鼓励帮助解答问题! 2012-04-07 19:03:09
weandyouzhy: 回帖置顶 2012-04-07 20:23:00
答案是否定的,Taq酶不具有水解引物的能力,不然的话PCR还如何继续,或者是你如何控制Taq酶发挥作用?PCR条件中有考虑这方面的吗?此外,在拿PCR产物跑胶时,有时能看到明显的引物二聚体条带,这也说明引物不会被降解。PCR体系中各组分的量基本是围绕酶和模板确定的,Buffer是10×的,当然加总体积的十分之一了,Mg离子的浓度关系到Taq酶的活力也是确定的,引物的浓度只要达到一定程度就好了,过多会产生二聚体之类的,过少影响PCR反应启动,模板也是的,多了也不好纯化啊,酶的话一般都有推荐量的,一定的体积加上那么多的酶就能满足要求了。而且酶的说明书也没有明确说其活力如何,只是给出在一定条件下的PCR结果罢了,只是参考。
悠哉游哉做实验,成兮败兮我随便
4楼2012-04-07 15:04:58
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风逝zhilv

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
weandyouzhy: 金币+2, 有帮助, 谢谢!交流很重要! 2012-04-07 20:21:52
这个是肯定不会降解的,至于量的问题要针对具体情况而言了,以往师兄师姐的经验还是很重要的,应多交流,祝实验顺利
为梦想而努力,不做生活的奴隶!
5楼2012-04-07 16:35:32
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weandyouzhy

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by bbwalkman at 2012-04-07 14:56:00:
应该是不会的,因为在你跑胶的时候会发现在最顶端还是有引物条带存在的,而且Taq酶均具有5'-3'聚合酶活性,但不一定具有3'-5'和5'-3'的外切酶活性。3'-5'外切酶活性可以消除错配,切平末端;5'-3'外切酶活性可以消 ...

谢谢你了!不过我想如果Taq酶能降解引物的话,那么因为引物是过量的,是否也可以使PCR继续进行。不过目的片段的扩增倍数就会很小,是这样吗?我对这方面有些迷惑,见笑了!
everything*will*be*OK!so*never*give*up,man!
6楼2012-04-07 20:31:18
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bbwalkman

木虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by weandyouzhy at 2012-04-07 20:31:18:
谢谢你了!不过我想如果Taq酶能降解引物的话,那么因为引物是过量的,是否也可以使PCR继续进行。不过目的片段的扩增倍数就会很小,是这样吗?我对这方面有些迷惑,见笑了!

这个Taq酶是耐热聚合酶,应该不会对引物进行降解,一般能降解DNA的,DNase I用的比较多一点呢,这个没什么见笑的啊,大家不都这样过来的嘛
7楼2012-04-07 20:44:45
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weandyouzhy

木虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by bbwalkman at 2012-04-07 20:44:45:
这个Taq酶是耐热聚合酶,应该不会对引物进行降解,一般能降解DNA的,DNase I用的比较多一点呢,这个没什么见笑的啊,大家不都这样过来的嘛

好的,多谢了!
everything*will*be*OK!so*never*give*up,man!
8楼2012-04-09 11:02:23
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gastrodia

金虫 (正式写手)

PCR产物会被降解掉,如果引入了核酸酶的污染,很快就会被降解掉,我遭遇过PCR的产物第一天电泳的时候还正常,第二天再次电泳就没有条带了
9楼2012-04-09 16:21:23
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chiden

木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by gastrodia at 2012-04-09 16:21:23:
PCR产物会被降解掉,如果引入了核酸酶的污染,很快就会被降解掉,我遭遇过PCR的产物第一天电泳的时候还正常,第二天再次电泳就没有条带了

不过有时候这些东西都具有一定的随机性啊,有时候一样的东西头一次能P出来,第二次就不行了呢。。。
即使难过,也要微笑着走下去
10楼2012-04-10 10:31:34
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