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WJ-MS

新虫 (小有名气)

[求助] Dmol3晶体吸附

紧急求助!
1 在用MS中的Dmol3模块做晶体吸附的时候,看到文献里说4层平板周期模型,在cleave surface 以后,是先构建真空层,然后构建超晶胞,还是先构建超晶胞,再建立真空层呢?
2 一般的晶体吸附,是将吸附物质手动放到基底表面的吗?这样的话,吸附距离大约选择多少呢?怎么确保小分子是在基底的顶位、桥位或者其他什么位置呢?
3 在构建晶体的时候,晶体参数以及空间群都是在哪儿查到的呀?
初学软件,很多问题不懂呀,望各位大侠相助!!!
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加油!
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cxg0501

新虫 (小有名气)

我也有同样的问题,等高人指点
5楼2013-05-27 10:04:11
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
WJ-MS: 金币+1, 有帮助 2012-04-01 15:00:24
1.都可以,没有先后顺序,只要建立的模型符合要求即可
2.根据实验或者文献确定初始吸附构型;或者根据不同的吸附构型计算能量,能量最低的确定为稳定构型
3.MS有默认的值可以用;也可以到晶体库中查找相关数据;文献查找相关数据也是一条很好的途径
2楼2012-03-26 22:15:32
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WJ-MS

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by uuv2010 at 2012-03-26 22:15:32:
1.都可以,没有先后顺序,只要建立的模型符合要求即可
2.根据实验或者文献确定初始吸附构型;或者根据不同的吸附构型计算能量,能量最低的确定为稳定构型
3.MS有默认的值可以用;也可以到晶体库中查找相关数据; ...

我不知道怎么来保证小分子确实是放在顶位上了,就是说具体的位置摆放怎么确保精确,用肉眼观察吗?
如果是通过文献查找的话,一般是怎么检索呢,比如说氯化钾,我查了很久都查不到?你所说的晶体库是哪个?
加油!
3楼2012-03-27 10:55:20
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一介考生

新虫 (初入文坛)

可以通过空间坐标以及原子间键长计算吸附位置
4楼2012-04-12 09:25:22
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