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请教高手基因克隆简并引物设计的问题
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最近想克隆一个基因，在NCBI上找到了其他几个物种中这个基因的序列，本来是想设计简并引物，得到片段，然后再用RACE的方法克隆。可是实际操作发现好困难。。 这个基因A的氨基酸序列C端比较保守，N端差异比较大。因此我想的是从C端找保守区域设计简并引物。可问题是，基因A是另一个基因B的变种（是这么说么），这两个基因的C端是相似的，区别就在N端。如果我用C端设计引物的话，很可能得到基因B。实际上我第一次设计的引物得到的就是基因B。。。而且这两个基因也比较短，就700,800的大小，我不知道应该怎么设计引物了。。请高手帮忙  下面是其他物种中A的氨基酸序列和核苷酸序列 >1 MARTKQMAHKKLRRTLNVDEAGPSTPVTRSTEVNPKSSRPTPVT EDRGTGARKKHRFRPGTVALREIRKYQKTTELLIPAAPFIRLVREITNLYSKEVTRWT PEALLAIQEAAEFFIINLLEEANLCAIHAKRVTLMQKDIQLARRIGGARHFS >2 MARTKHMVKRTIRRKLNVDEAGPSTPATRSAEVKRKKSRPTPVT EERGTGVKKKHRFKAGTVALREIRKYQKTAELLIPAAPFIRLVREITMLYSKEVNRWT PEALLAIQEAAEFFLINLLQEANLCAIHAKRVTVMQKDIQLARRIGGSRHFS >3 MARTKHRVTRSQPRNQTDAAGASSSQAAGPTTTPTRRGGEGGDNTQQTNPTTSPATGTRRGAKRSRQAMPRGSQKKSYRYRPGTVALKEIRHFQKQTNLLIPAASFIREVRSITHMLAPPQINRWTAEALVALQEAAEDYLVGLFSDSMLCAIHARRVTLMRKDFELARRLGGKGRPW >4 MARTKKTVAATKRRSPRTRLEPQSQPEKKKRAHRFRPGTVALRE IRKYRKSTELLIPFAPFVRLVRGIANGFMNIGGPNKPTPWTPHALLSLQEAAEYHLVD LFGKANLCAIHAKRVTVLLKDMRLAKRIGSVTVY >5 MARTKHFSNKKSVRPKKQISGARASSSQVTESTPAKTDAAATRM 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mpkdiqlarr irgera 核苷酸的 1 cagatctcaa ctttctctca aaaatcaaac agtttctatg gctcgtacca agcagacagc 61 taggaaatca accggaggta aagctccaag gaaacaattg gcgacaaaag cggcgaggaa 121 atctgctcca gccaccggag gagtgaagaa acctcacaga ttcagacccg gaaccgtagc 181 tctaagagaa atcaggaagt accagaagag cactgagctt ctgatccgta aacttccttt 241 ccagaggctt gtgagagaga tcgctcagga cttcaagacc gatctccgtt tccagagcag 301 tgccgtcgcc gccctccagg aagctgctga agcttacctc gtcggactct tcgaagacac 361 caatctctgc gctattcatg ccaagagagt caccatcatg cccaaggaca tccagctcgc 421 aagaagaatc agaggagaaa gagcttagat ctaagtattc tggt |
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