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酶切专家

金虫 (小有名气)

[求助] 关于EcoRI的部分酶切

我准备用EcoRI+XbaI在我的质粒上克隆外源基因,但酶切验证时发现在质粒上有两个EcoRI位点,所以不得不进行部分酶切。
我的计划是:先用XbaI进行完全酶切,然后加少量EcoRI,进行部分酶切(希望出现只在一个EcoRI位点切开的条带),然后回收在我希望的位点切开的那条带,进行克隆。
我已经尝试了一次,发现即使只酶切5分钟,质粒上的两个EcoRI都全切开了。大家有相关经验吗?
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酶切专家

金虫 (小有名气)


酶切专家: 回帖置顶 2012-03-19 21:11:56
西瓜: 金币+1, 恭喜恭喜~期待楼主结果哈~ 2012-03-20 11:42:50
引用回帖:
10楼: Originally posted by panda73 at 2012-03-18 15:23:09:
我以前做过类似的部分酶切实验:
我得经验如下:
首先必须精确计算所需的酶量。我曾经在小木虫推荐过一个软件(Double digestion designer),你可以利用该软件精确计算出EcoRI的 ...

我按照此建议,利用double digestion designer计算的酶量的1/2,切了5分钟,然后加SDS终止反应,电泳检测,发现的确是部分酶切,已经成功回收到预期的目的条带。
非常感谢!
随后会汇报克隆结果。
如果成功,就节省了我好几天时间。
13楼2012-03-19 20:51:42
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blastfeng

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
最好是甲基化处理,这个也不能保证每一个位点甲基化,只能试试,跑胶,看看酶切程度,再回首,估计工作量很大啊
生活就像PCR
2楼2012-03-17 19:11:18
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a731705125

银虫 (小有名气)

可不可以把质粒突变一下,用pcr的方法把其中一个酶切位点突变掉
3楼2012-03-17 20:40:19
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sarah_lz

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西瓜: 金币+1, 第一次听说,学习了~ 2012-03-18 17:48:07
EcoRI 活性非常高,基本上酶切鉴定质粒的话,37度五分钟和一个小时的区别不大,所以建议换成别的酶切位点,免得浪费更多时间
4楼2012-03-17 21:42:35
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