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酶切专家

金虫 (小有名气)

[求助] 关于EcoRI的部分酶切

我准备用EcoRI+XbaI在我的质粒上克隆外源基因,但酶切验证时发现在质粒上有两个EcoRI位点,所以不得不进行部分酶切。
我的计划是:先用XbaI进行完全酶切,然后加少量EcoRI,进行部分酶切(希望出现只在一个EcoRI位点切开的条带),然后回收在我希望的位点切开的那条带,进行克隆。
我已经尝试了一次,发现即使只酶切5分钟,质粒上的两个EcoRI都全切开了。大家有相关经验吗?
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panda73

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西瓜: 金币+2, 听起来好难…… 2012-03-18 17:50:09
酶切专家: 回帖置顶 2012-03-19 20:47:18
西瓜: 金币+5, MolEPI+1, 根据楼主反馈,切实可行,授予EPI! 2012-03-20 11:44:26
我以前做过类似的部分酶切实验:
我得经验如下:
首先必须精确计算所需的酶量。我曾经在小木虫推荐过一个软件(Double digestion designer),你可以利用该软件精确计算出EcoRI的用量,然后将其理论用量减少1/2或2/3,将酶切时间缩短到5分钟,应该没问题。。(注意,酶一定先稀释10倍以上,然后从稀释的酶样品中取出所需的酶量,否则,由于原酶中含50%甘油,误差太大,肯定效果不好)。
如果这种克隆都能成功,你可以藐视大部分的分子克隆工作。
祝一切顺利。
10楼2012-03-18 15:23:09
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blastfeng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
最好是甲基化处理,这个也不能保证每一个位点甲基化,只能试试,跑胶,看看酶切程度,再回首,估计工作量很大啊
生活就像PCR
2楼2012-03-17 19:11:18
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a731705125

银虫 (小有名气)

可不可以把质粒突变一下,用pcr的方法把其中一个酶切位点突变掉
3楼2012-03-17 20:40:19
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sarah_lz

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西瓜: 金币+1, 第一次听说,学习了~ 2012-03-18 17:48:07
EcoRI 活性非常高,基本上酶切鉴定质粒的话,37度五分钟和一个小时的区别不大,所以建议换成别的酶切位点,免得浪费更多时间
4楼2012-03-17 21:42:35
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