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happywyh

铁虫 (小有名气)

[交流] 怎么判断目的基因序列中是否含有信号肽~~

从NBIC得到一段目的蛋白的编码序列（CDS），逛论坛发现有好多关于是否切除本身信号肽，利用表达载体信号肽的帖子...想请教一下怎么判断目的基因序列中是否含有信号肽以及怎么分析信号肽序列...
第一次设计引物，有很多不懂的，希望路过的大侠能帮忙解答~~谢谢~~




[ Last edited by happywyh on 2012-3-13 at 20:14 ]
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1楼 2012-03-13 15:52:12
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nanjingji

新虫 (初入文坛)
★
happywyh(金币+1): 谢谢参与
你的第一个有关信号肽的问题，我的答案同楼上，至于引物设计，我建议你使用primer primer 5 引物设计软件，这个软件很好用，而且很好学！
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3楼2012-03-13 17:21:14
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lilyjimei

新虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
happywyh(金币+1): 谢谢参与
西瓜(金币+3): 热心哈 2012-03-13 23:53:41
呵呵也是问的别人滴；用在线的SignalP分析就可以了,http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP-2.0/
信号肽的特征是包括一个正电荷区域、一个疏水性区域和不带电荷但具有极性的区域,信号肽切割位点的-3和-1位为小而中性氨基酸,这也是预测的依据。上面所说的SignalP可以根据信号肽序列特征，采用神经网络方法或隐马氏模型方法，对信号肽位置及切割位点进行预测。
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2楼2012-03-13 17:02:29
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happywyh

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by lilyjimei at 2012-03-13 17:02:29:
呵呵也是问的别人滴；用在线的SignalP分析就可以了,http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP-2.0/
信号肽的特征是包括一个正电荷区域、一个疏水性区域和不带电荷但具有极性的区域,信号肽切割位点的-3和-1位为小而 ...

我按照你说的网址进行了信号肽序列的分析，得到的结果如上图所示，图像太抽象了，请问这三条线条分别代表什么意思啊
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4楼2012-03-13 20:57:07
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happywyh

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by nanjingji at 2012-03-13 17:21:14:
你的第一个有关信号肽的问题，我的答案同楼上，至于引物设计，我建议你使用primer primer 5 引物设计软件，这个软件很好用，而且很好学！

谢谢~~我试试
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5楼2012-03-13 20:57:34
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