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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 关于构建系统发育树的问题，小白求教？为什么变形菌门老是不在一个分支
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可以肥下去

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于构建系统发育树的问题，小白求教？为什么变形菌门老是不在一个分支

请问我构建的细菌的系统发育树，有时候变形菌门的会不在一个大的分支，我不知道问什么。就像是δ变形菌和其他变形菌中间还有厚壁菌门 之类这样的情况，请问大家遇到过吗，这是什么原因啊？谢谢
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可以肥下去

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1楼 2012-03-01 23:50:30
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yitiandeng

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
数据有问题，或者是你认为的那个菌不是你所认为的菌
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可以肥下去
2楼2012-03-02 01:03:47
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137167741

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
方法没有错误的话，就数据有问题了啊！
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可以肥下去
总有一天我要修改用户名。
3楼2012-03-02 10:33:04
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可以肥下去

新虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by 137167741 at 2012-03-02 10:33:04:
方法没有错误的话，就数据有问题了啊！

请问数据有问题具体指的是什么啊，方法应该没有错误，我建的就是NJtree，应该没问题的吧，里面是我自己的序列和参考序列，请问具体可能是哪些错误
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4楼2012-03-02 10:49:17
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可以肥下去

新虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by yitiandeng at 2012-03-02 01:03:47:
数据有问题，或者是你认为的那个菌不是你所认为的菌

请问数据有问题具体指的是什么啊，方法应该没有错误，我建的就是NJtree，应该没问题的吧，里面是我自己的序列和参考序列，请问具体可能是哪些错误
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5楼2012-03-02 10:49:31
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137167741

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

还有的话就是并不是所有一个门都会在某一条序列上聚类聚在一起的，因为这些物种可能在这条序列上并不保守。还有在构建进化树之前还需要对你的序列进行检测，并不是有了几条序列就马上就可以构建系统发生树的。构建这些树，需要一些前提条件的，不满足一些先决条件，构建出来的树是没有什么意义的。呵呵。
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总有一天我要修改用户名。
6楼2012-03-02 10:53:55
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yitiandeng

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 137167741 at 2012-03-02 10:33:04:
方法没有错误的话，就数据有问题了啊！

7楼2012-03-02 11:22:30
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yangsh_nj

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
聚不聚在一起不是直观看，还需要通过你的bootstrap 值来判断。如果bootstrap 很低的话，画到哪里都是无所谓的了。根本没有分类的可比性
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8楼2012-03-02 12:17:22
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可以肥下去

新虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
真是太谢谢你了，我的有的bootstrap 值的确不高，但是我想用这个细菌发育树的图放在论文了，这样还可以吗
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9楼2012-03-02 16:32:56
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yangsh_nj

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by 可以肥下去 at 2012-03-02 16:32:56:
真是太谢谢你了，我的有的bootstrap 值的确不高，但是我想用这个细菌发育树的图放在论文了，这样还可以吗

如果整体的bootstrap值不高的，可能需要找下原因，序列本身差异太大？或者扩的就不是Allele的序列？要具体分析了。但如果只有偶然的几个clade分值不高的话，没有关系，可以放的。如果整体的bootstrap值怎么弄都不高的话，建议不要放，懂行reviewer会纠这个小辫的，你可以尝试通过其他特性来弥补。
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10楼2012-03-02 17:06:55
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