| 查看: 1821 | 回复: 1 | |||||
oxox6085专家顾问 (正式写手)
|
[求助]
求助啊！！L-J势能如何设置？老是算不对！
|
|
请教大家一个关于L-J的问题： 我第一次用GULP，第一步用它先优化一下CdSe晶体的结构（Zincblende），用文献中的potential（这个potential应该很可靠，很多人用），基本是修改了一下example1的输入文件，但是算出来的结果总是和实验对不上，晶体的晶格常数总是特别小，有时候甚至输出文件直接告诉我说cell的变化超过范围，然后就报错了。。那个potential很简单，就是：库仑+LJ势，库仑作用gulp应该直接用eward summation，精度默认10^-8应该没有问题。所以，我总感觉我的LJ势输入的有问题。以下是potential的文献中数据：  文中的sigma的单位是唉，epsilon是K，gulp里sigma是唉，但是epsilon用的是eV，所以需要转化一下epsilon的单位：1(1/kB) eV=11604.5 K，所以我的输入文件如下： =======================分割线======================= opti prop conp title CdSe-ZB end cell 6.0500 6.05000 6.05000 90.0 90.0 90.0 frac Cd 0.000000 0.000000 0.000000 Se 0.250000 0.250000 0.250000 space 216 species Cd 1.18 Se -1.18 lennard zero Cd Cd 0.001448 1.98 0.0 12.0 Se Se 0.001285 5.24 0.0 12.0 Cd Se 0.001364 3.61 0.0 12.0 output xr CdSe-ZB output marvin CdSe-ZB.mvn =======================分割线======================= 文献里面公式中有系数4，对应的是L-J势中的zero，那个很小的数值（比如0.001448）就是经过单位转换的epsilon，Cd-Se之间的参数是通过combining rules手工输入的（也就是epsilon取相乘开根，sigma相加除以二，gulp里应该可以自动算，还不清楚如何设置）。。。。但是结果老是算不对，求大家帮助，看看我哪里出错了。。。多谢多谢！！ |
回复此楼» 猜你喜欢
有没有人能给点建议
已经有5人回复
-
假如你的研究生提出不合理要求
已经有12人回复
-
实验室接单子
已经有7人回复
-
全日制（定向）博士
已经有5人回复
-
萌生出自己或许不适合搞科研的想法，现在跑or等等看？
已经有4人回复
-
Materials Today Chemistry审稿周期
已经有4人回复
-
参与限项
已经有3人回复
-
对氯苯硼酸纯化
已经有3人回复
-
所感
已经有4人回复
-
要不要辞职读博？
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 有什么软件可以方便地计算出特定分子的Lennard-Jones势能和碰撞直径？
已经有5人回复
- 如何利用GULP拟合分子间势能曲线得出力场参数
已经有10人回复
- 时间步长设置，截断半径设置
已经有6人回复
- 对于MD，其中的势函数参数选取，如何自己计算
已经有5人回复
- ATP分子力场参数怎么做
已经有4人回复
- 能不能用量子化学计算结果拟合Lennard-Jones势，怎么拟合？
已经有5人回复
- 关于势函数的求助
已经有23人回复
- 【求助】如何通过理论计算得到分子各态能级以及势能曲线或曲面？
已经有4人回复
oxox6085
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +129 - 模拟EPI: 1
- 应助: 69 (初中生)
- 金币: 8044
- 散金: 222
- 红花: 39
- 帖子: 472
- 在线: 636.8小时
- 虫号: 612537
- 注册: 2008-09-25
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
- 管辖: 分子模拟
|
没人回答，好吧我自问自答一下，方便虫友（好苦逼） 我后来发现我的input文件关于LJ势那块还是格式不对： 1，如果用A B的形式，需要： lennard Atom1 Atom2 A B Rmin Rmax flag1 flag2 2，如果是epsilon/sigma的格式： lennard epsilon Atom1 Atom2 epsilon sigma Rmin Rmax flag1 flag2 3，如果是epsilon zero的格式： lennard epsilon zero Atom1 Atom2 episilon sigma Rmin Rmax flag1 flag2 epsilon的时候sigma给的是势能最低点，epsilon zero的时候sigma给的是势能为0是的距离，mannual上有写。 |
2楼2012-03-07 18:27:54