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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

[交流] 虫友结构解析修正问题解答实例 已有47人参与

不断有虫友送结构给我看,或问些问题,其中很多是重复的。 我想,还是慢慢整理在一起,放在这里, 供初学者参考。

问题1.  虫友 abcd007140 2012-2-24  问:
解晶体时 运行xprep时 出现了一段红色的提示
no acceptable space group---change tolerances or unset chiral flag or possibly change input lattice type ,then recheck cell using H-option
不知什么意思 如何处理

答:
   你的这个问题,是由于该完全消光的点没有消光,导致程序不能自动判断出空间群。具体原因可能是晶体不够好,或衍射太强等。
   具体到这个结构,实际上,在xprep时,可以看到 h00, 0k0, ool的点明显比其他点弱,是可以看作消光掉了。 所以结构的空间群是P2(1)2(1)2(1). 这个我能自己判断出来。
   你可能还不够熟悉, 不能自己判断, 那么就要改变那个tolerances ,这个怎么做呢?
   在 xprep中,有一步是有那个 [T]选项, 你把其中那个消光判据的sigma值改为 10, 那么程序就能自动为你给出程序了,见我给你的.prp文件。
   在.prp中,可见如下,其中倒数第二行,我是做了改变的:

TOLERANCES CHANGED

Maximum deviation (deg.) in higher symmetry cell search =  1.000
Threshold (deg.) for terminating search =  0.050
R(int) maximum for terminating cell search =  0.120
R(int) maximum for space group determination =  0.300
Minimum number of data in group for syst. absence test =   5
Maximum mean I/sigma(I) for systematic absences = 10.000
Minimum I/sigma gap between absences and rest =  5.000
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xi2004-emuch@163.com
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tj2m

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
65楼: Originally posted by 阳光小虫 at 2014-06-23 17:01:48
悬赏100金币请高手帮我解个晶体。基本结构已经解出,结果还不错,现在问题是电荷不平。

结构传上来看看

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

路漫漫其修远兮,吾将上下而求索
66楼2014-06-24 22:49:53
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查看全部 71 个回答
3楼2012-02-25 17:31:21
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p452_1

至尊木虫 (知名作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
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drg1984: 鼓励发帖交流科研上的困惑、困难! 2012-02-25 23:53:27
我以前也碰到过类似问题,衍射数据很好,就是找不到合适的空间群,需要改变TOLERANCE。向专家学习!
老歪博
5楼2012-02-25 19:07:33
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红叶天雨星

金虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
送鲜花一朵
drg1984: 鼓励发帖交流! 2012-02-25 23:53:38
专家,别人帮我测了几个数据,测试员解不出来,不知道是数据问题还是不能解,如果方便,想请您帮我看看,谢谢
6楼2012-02-25 21:22:34
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