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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

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[交流] 虫友结构解析修正问题解答实例已有47人参与

不断有虫友送结构给我看，或问些问题，其中很多是重复的。我想，还是慢慢整理在一起，放在这里，供初学者参考。

问题1.  虫友 abcd007140 2012-2-24  问:
解晶体时运行xprep时出现了一段红色的提示
no acceptable space group---change tolerances or unset chiral flag or possibly change input lattice type ,then recheck cell using H-option
不知什么意思如何处理

答：
你的这个问题，是由于该完全消光的点没有消光，导致程序不能自动判断出空间群。具体原因可能是晶体不够好，或衍射太强等。
具体到这个结构，实际上，在xprep时，可以看到 h00, 0k0, ool的点明显比其他点弱，是可以看作消光掉了。所以结构的空间群是P2(1)2(1)2(1). 这个我能自己判断出来。
你可能还不够熟悉，不能自己判断，那么就要改变那个tolerances ，这个怎么做呢？
在 xprep中，有一步是有那个 [T]选项，你把其中那个消光判据的sigma值改为 10，那么程序就能自动为你给出程序了，见我给你的.prp文件。
在.prp中，可见如下，其中倒数第二行，我是做了改变的：

TOLERANCES CHANGED

Maximum deviation (deg.) in higher symmetry cell search =  1.000
Threshold (deg.) for terminating search =  0.050
R(int) maximum for terminating cell search =  0.120
R(int) maximum for space group determination =  0.300
Minimum number of data in group for syst. absence test = 5
Maximum mean I/sigma(I) for systematic absences = 10.000
Minimum I/sigma gap between absences and rest =  5.000

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ylt

红叶天雨星

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xi2004-emuch@163.com

1楼2012-02-25 13:02:29

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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

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lichun1210(金币+6): 老师辛苦了~ 2012-03-04 07:14:22

实例3：
2012-03-02
问：我是小木虫会员lovexieting, 近日做了一个有机物，测了单晶解了出来结果发现r1和wr2都很大，于是重新测试了，这次测试后却怎么也解不出来了，还得麻烦您给看看。随信附上上次我自己解出来的cif，ins和res，辛苦老师了，上次也是按单斜来解的。

答：这个因为消光条件诡异，xprep给不出空间群，而且单胞似是正交，但rint大，只能降低到单斜。在P21/c空间群，很容易得到分子模型，但各向异性修正后R =0.25. 权重的第二项很大。
一切表明，可能是twin.
我用platon,装入.ins, 点graphical menu, 点 twinrotmat, 果然，给出矩阵 -1 0 0， 0 -1 0 ， 0 0 1，预测 basf 0.37,
在.ins中加 twin -1 0 0 0 -1 0 0 0 1
            basf 0.3
精修后，
R =0.06左右

问：我把文章投到晶体学报e了，编辑返还让我修改，其中有几个问题我想请教您：
1 Please add a reference for SADABS to the reference list.

答：我推荐iucr的 author service
http://journals.iucr.org/c/services/authorservices.html
点那个 Standard software references
可以看到:
SADABS, TWINABS:
  Bruker (2001). Program name. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.
or
  Sheldrick, G. M. (1996). Program name. University of Göttingen, Germany.
其他软件的reference尽在于此。